Japonia e în ruine după Marele Dezastru. Kiruko acceptă să-l escorteze pe Maru într-un loc numit „Paradisul”. Într-o instituție, niște copii trăiesc lipsiți de griji. Tokio pune întrebări despre lumea din jur după ce primește un mesaj straniu.

Kiruko și Maru cad într-un somn adânc la pensiunea unde au poposit. Se trezesc în toiul nopții pândiți de un monstru. La școală, Tokio privește cu suspiciune lumea din jur. Între timp, Shiro primește un e-mail neașteptat.

Cu cinci ani în urmă, în Asakusa, Kiriko e pilot de karting și locuiește cu Robin și fratele ei, Haruki, într-un orfelinat. În ziua uneia dintre curse, are loc o întâmplare teribilă, iar viața lui Haruki se schimbă radical.

Tokio vede niște bebeluși ciudați și își dă seama cât de puțin înțelege locul în care se află. Maru și Kiruko sunt în drum spre Tokyo cu un vapor și sunt atacați. Kiruko regândește strategia de luptă atunci când orice încercare de a se apăra eșuează.

Maru și Kiruko se întorc la Tokyo și dau peste o tabără. Maru pleacă în recunoaștere la o sală de jocuri video. Kiruko adună informații singură și aude un zvon înfiorător. La școală, starea lui Tarao se înrăutățește, iar dr Sawatari descoperă o urmă inexplicabilă.

Maru și Kiruko pornesc în căutarea Nemuritorilor. Pe drum, poposesc la hotelul lui Totori. Își lasă bagajele acolo și, în timp ce caută apă potabilă, găsesc un bărbat grav rănit. La școală, Tokio primește o vizită neașteptată.

Maru și Kiruko cred că i-au găsit pe Doctor și Nemuritori, dar, de fapt, au descoperit o organizație ostilă care se împotrivește mijloacelor de tratament oferite de Nemuritori. Cei doi protagoniști acceptă o misiune, dar Kiruko cedează sub presiune.

După ce îi omoară pe mâncătorii-de-oameni, Maru și Kiruko îl întâlnesc în sfârșit pe doctorul Usami. Acesta le cere ajutorul și îi conduce pe amândoi într-o cameră unde-i așteaptă o priveliște înfiorătoare. Maru și Kiruko trebuie să ia o decizie.

Maru și Kiruko descoperă că doctorul Usami avea un buton cu același simbol de pe arma lui Kiruko, reiau căutările și întâlnesc un informator ciudat. Între timp, la institut apare o urgență.

Maru și Kiruko decid să cerceteze sediul din Ibaraki al academiei Takahara. Constrânși de împrejurări, îl ajută pe Juichi să afle ce s-a întâmplat cu copilul lui. Când sosesc la citadela unde a locuit Juichi, lucrurile stau altfel decât și-au imaginat cei trei.

Maru și Kiruko se îndreaptă către sediul din Ibaraki în mașina primită de la Juichi. Între timp, un grup nou de copii sosește la academie, iar Mimihime observă că unul din ei, Ohma, stă mai retras și încearcă să se apropie, dar Ohma știe foarte bine de ce stă deoparte de ceilalți.

Maru și Kiruko sosesc într-o piață prosperă. E a orașului care se pare că se află sub conducerea Ministerului Reconstrucției. Între timp, academia e atacată. În încercarea de a se adăposti, copiii găsesc o gaură în perete.

Mimihime, Shiro, Anzu și Taka ies prin gaura din zid în încercarea de a găsi răspunsul la testul profesorului lor. Între timp, Kiruko suferă enorm după ce Robin face ceva îngrozitor.