Il Giappone è crollato dopo la grande catastrofe. Kiruko accetta di portare un ragazzo di nome Maru in un posto chiamato paradiso. Intanto, dei bambini vivono tra le mura di un asilo nido immerso nel verde. Dopo aver ricevuto un messaggio oscuro, Tokio inizia a dubitare di ciò che lo circonda.

In una strana locanda, Maru e Kiruko cadono in un torpore sonnolento. Li ridesta qualcosa di mostruoso sotto un timido chiaro di luna. Nell’asilo nido, Tokio nutre dei forti dubbi sul mondo che lo circonda. Intanto, Shiro riceve un messaggio inaspettato.

Cinque anni fa, Robin, Haruki e sua sorella pilota Kiriko trascorrevano giorni felici in un orfanotrofio di Asakusa. Mentre una folla in fermento assiste alla corsa di go-kart elettrici, qualcosa di terribile cerca di interrompere l’evento e Haruki si trova ad affrontare una situazione devastante.

A Tokio vengono mostrati dei bimbi dallo strano aspetto e si rende conto di capire ben poco del mondo circostante. Su una barca e senza vie di fuga, Maru e Kiruko subiscono un terribile attacco. Mentre tutto va a rotoli, sta a Kiruko escogitare una nuova strategia.

Maru e Kiruko tornano a Tokyo e vi trovano un quartiere trasformato in tendopoli. Maru cerca una sala giochi. Kiruko rimane da sola a raccogliere informazioni e sente un rumore sinistro. All’asilo nido, invece, le condizioni di Tarao peggiorano e il dott. Sawatari scopre un’impronta inspiegabile.

Maru e Kiruko danno la caccia all’Ordine Immortale. Lungo il tragitto, soggiornano nell’hotel di una ragazza di nome Totori. Mentre depositano le valigie e cercano un po’ d’acqua potabile, si imbattono in un uomo gravemente ferito. Dinanzi a Tokio, intanto, si palesa una persona inaspettata.

Maru e Kiruko trovano quello che credono sia il medico e l’Ordine Immortale. Tuttavia, si tratta di un’organizzazione ostile che si oppone fortemente alle cure offerte dall’Ordine Immortale. Kiruko e Maru accettano un’offerta di lavoro, ma Kiruko inizia a perdere la pazienza.

Dopo aver ucciso i Mangiauomini, Maru e Kiruko finalmente incontrano il dott. Usami, il quale fa loro una richiesta difficile e li conduce in una stanza in cui assistono a una scena orribile.

Maru e Kiruko scoprono che il dott. Usami aveva un bottone con lo stesso motivo del logo trovato sul Raggio Kiru. Decidono di seguirne le tracce e, lungo la strada, incontrano un misterioso informatore. Nel frattempo, all’asilo nido si tiene una riunione di emergenza.

Maru e Kiruko decidono di recarsi al complesso dell’Accademia Takahara situato a Ibaraki. Essendo di strada, accettano di aiutare Juichi a scoprire se suo figlio sia ancora vivo. Arrivati alla Città Murata, la situazione è molto diversa rispetto a quanto si aspettavano.

Maru e Kiruko vanno al complesso di Ibaraki con l’auto avuta da Juichi. Intanto nell’accademia c’è un nuovo gruppo di studenti del 5º anno. Mimihime vede un bambino di nome Ohma molto solo e prova a diventare sua amica. Ma ci sono motivi precisi per cui Ohma resta in disparte dagli altri bambini.

Maru e Kiruko arrivano nel fiorente mercato della città governata dal discusso Ministro della Ricostruzione. Intanto, l’accademia subisce un attacco improvviso. Mentre cercano di mettersi al riparo, i bambini scoprono un buco nel muro.

Mentre cercano la risposta a un compito assegnato dalla maestra, Mimihime, Shiro, Anzu e Taka evadono tutti nel mondo esterno attraverso un buco scoperto nel muro. Intanto, Kiruko scoppia in lacrime dopo il gesto orribile di Robin.