Dans un Japon dévasté par une catastrophe, Kiruko accepte d'emmener un garçon appelé Maru vers le "paradis". Pendant ce temps, des enfants vivent paisiblement derrière les murs d'un jardin verdoyant. Mais après avoir reçu un message mystérieux, Tokio commence à douter du monde qui l'entoure.

Maru et Kiruko retournent à Tokyo et trouvent un quartier rempli de tentes. Quand Maru se rend dans une salle d'arcade, Kiruko se lance seul à la recherche d'informations et entend une rumeur effrayante. Au jardin, l'état de Tarao se détériore et le Dr Sawatari découvre une empreinte inexplicable.

Maru et Kiruko décident de se rendre à Ibaraki, dans l'établissement de l'Académie Takahara. Ils acceptent d'aider Juichi à vérifier si le bébé est encore en vie, puisque la ville emmurée est sur leur chemin. En arrivant, ils réalisent que la situation a bien changé.

Mimihime, Shiro, Anzu et Taka sortent au-dehors grâce à un trou dans le mur, alors qu'ils cherchent les réponses au contrôle. Pendant ce temps, Kiruko est en larmes après que Robin a fait quelque chose d'horrible.