未曾有の大災害を経て崩壊した日本。東京・中野で便利屋を営むキルコは、とある女性の依頼を受け、少年マルと『天国』を目指して旅をしていた。一方、壁に囲まれた緑豊かな学園で暮らす子供たち。トキオは「外の外に行きたいですか？」という謎のメッセージを受け取り、『外の世界』について初めての疑問を抱く。

立ち寄った旅館で、気絶したかのように眠りについていたマルとキルコ。目を覚ますと、鳥のような姿をした怪物『ヒルコ』が降り立っていた。二人は、視界の悪い月夜の中でヒルコと戦う事となる。学園ではトキオが『外の外』について思いを募らせていた。一方、シロの元には、思いも寄らないミミヒメの写真が届く。

五年前、電動カートレースの興行で賑わう浅草。孤児院で暮らす春希は、姉でレーサーの桐子や、兄貴のように慕うロビン、共に暮らす仲間たちと幸せな日々を送っていた。ある日、レース中に人食いを目撃した春希は、姉やロビンの役に立つために、一人で人食い退治に挑んでしまう。

人食い退治を終えたマルとキルコの前に、不滅教団で『医者』と慕われている宇佐美が現れる。二人は宇佐美から「ある人を助けてほしい」という依頼を受け、天蓋のある部屋へと案内される。そこにいたのは、水橋が見たとされる「機械により生かされ続けている人間」――やがて宇佐美からとある事実が明かされる……

突如として起きた攻撃によって、学園の壁に空いた穴。そこから外に出たミミヒメ、シロ、アンズ、タカは、先生に言われたテストの答えを探して壁の外を進んでいく。一方、露敏との一件で、戸惑い涙を流すキルコ。そこに、なかなか戻らないキルコに痺れを切らして迎えに来たマルが現れて……