Japón está en ruinas tras el Gran Desastre. Kiruko acepta un encargo: llevar a un chaval llamado Maru al Edén. Mientras tanto, unos niños viven su vida en una institución rodeada por muros y llena de vegetación. Uno de ellos, Tokio, lee un misterioso mensaje que le hace dudar del mundo que lo rodea.

Cuando llegan a una curiosa pensión, Maru y Kiruko acaban quedándose dormidos, pero un monstruo los despierta en plena noche, bajo la luz de la luna. En la institución, las sospechas de Tokio sobre el mundo que lo rodea van en aumento. Mientras tanto, Shiro recibe un mensaje inesperado.

Tokio encuentra a unos bebés con un aspecto inquietante y se da cuenta de lo poco que sabe sobre sus alrededores. Maru y Kiruko se ven atrapados en un barco mientras sufren un terrible ataque. Cuanto todo parece perdido, Kiruko idea una nueva estrategia.

Maru y Kiruko descubren que el doctor Usami tenía un botón con el mismo dibujo que el logotipo de la pistola de los Rayos Kiru. Deciden seguir su rastro y se topan con un misterioso informante. Mientras tanto, en la institución se organiza una reunión de emergencia.

Maru y Kiruko llegan a un próspero mercado. Es la aldea donde opera el supuesto Ministerio de Reconstrucción. Entretanto, la institución sufre un ataque. Mientras buscan refugio, los niños encuentran un agujero en el muro.