Un enorme pipistrello deruba alcune aziende farmaceutiche: il sindaco Hill accetta la proposta di Bullock, cioè di rintracciare e catturare il responsabile, da molti ritenuto Batman. Il vero uomo pipistrello però indaga su alcuni peli, appartenenti probabilmente ad un pipistrello, e scopre come lo zoologo del Gotham City Zoo, Kirk Langstrom abbia sperimentato su di sé un siero per migliorare le capacità dell'uomo con quelle dei chirotteri. Batman lo ferma, e gli inietta un antidoto.

Il procuratore distrettuale Harvey Dent collassa per avvelenamento e Batman sospetta dalla fidanzata, Pamela Isley. Scopre allora che dietro tutto vi è la donna, e cerca un antidoto per Harvey.

Durante un comizio, il sindaco Hill paragona Batman al Joker: quest'ultimo, offeso, decide di vendicarsi, recandosi alla festa di compleanno di Jordan, figlio del politico. Travestito dall'animatore "Gecko il Clown", il criminale tenta di eliminare gli invitati, ma l'attentato è sventato grazie a Bruce Wayne. Dopo aver litigato con il padre però Jordan scappa di casa, chiedendo a Gecko di diventarne apprendista. Batman li segue, e quando cade in trappola, il piccolo comprende le intenzioni del Joker e lo libera. Batman neutralizza poi il Joker, e Jordan fa ritorno da Hill.

When a maniacally punctilious man faces financial ruin because of attorney Hamilton Hill, he transforms into the devious Clock King and swears revenge on Hill, now the mayor of Gotham.

Batman escapes from being attacked by his own Batcomputer, which was sabatoged by HARDAC. He now seeks to get back Gordon, Hill and Bullock, who have all been replaced with robots.

Bruce Wayne is temporarily blinded when the Penguin steals a new police helicopter with weaponry developed by WayneTech.

Harley Quinn agrees to help Batman and Robin find the location of a stolen atomic bomb placed somewhere in Gotham by the Joker.

The Clock King plots against Mayor Hill after he steals an invention that allows him to travel at super speed.

Lyle Bolton Arkam's former chief of security becomes the vigilante Lock-up and kidnaps Commissioner Gordon and Mayor Hill seeing them as the cause of rampant crime in Gotham City.