Cuando Batman intenta frustrar el plan del Espantapájaros de envenenar el abastecimiento de agua con una sustancia química que induce pesadillas y alucinaciones; el Caballero Oscuro se infecta. No pudiendo distinguir la fantasía de la realidad es internado en el Manicomio Arkham. Él deberá encontrar la forma de escapar y detener la pesadilla sin fin que sume al pueblo de Gotham.

Lyle Bolton, un guardia de Arkham, es despedido por torturar a más de un villano, lo cual lo lleva a convertirse en Lock Up y a secuestrar a funcionarios importantes. Batman y Robin deben encontrar la guarida de Lock Up y vencerlo.