Kanata, aspirante a nómada, explora las ruinas de un museo con Tokio, un nómada de renombre, y encuentra a una magus sin recuerdos. Los exterminadores atacan y Villarroca corre peligro.

Kanata vuelve a las ruinas donde encontró a Noir en busca de pistas sobre su pasado. Cuando Range, un directivo del sindicato criminal del Nido del Bacará, intenta alejar a Noir de Villarroca, esta conoce a Ciel, una magus con una voz angelical.

Kanata es ahora el amo de Noir y va camino de convertirse en nómada. Tokio afirma que convertirá a Kanata en un hombre de verdad y se lo lleva al Nido del Deseo, la ciudad del placer. Cuando Ellie, Ange y Noir se enteran, se dirigen al Nido del Deseo para traer a Kanata de vuelta.

Kanata entrena para hacerse más fuerte enfrentándose a exterminadores sin depender de Noir. Cuando casi lo derrotan, aparece un Ataúd de Cuna que acaba con los exterminadores de un disparo a larga distancia. Sus salvadoras son Claudia y su compañera magus, Flamme, y le piden algo curioso a Kanata.

Kanata se da cuenta de que tiene que fortalecer el vínculo que tiene con su magus si quiere ser un nómada más fuerte. Para ello, se aventura a las ruinas del laberinto Fes con Noir. Mientras tanto, Tokio descubre que un grupo se ha dedicado a atacar a los magus tipo Cero de Amasia y a sus nómadas.

A Kanata y Tokio les pilla la lluvia mientras buscan cristales AN, y Tokio sugiere que busquen refugio en el Nido del Bacará, la ciudad del juego. Allí se encuentran con una magus solitaria que está cantando. Es Ciel, la magus que Noir conoció cuando Range intentó secuestrarla.

En un intento de averiguar más sobre Noir, Kanata le pide a Maria que le haga un mantenimiento. Ellie cuida de Kanata mientras su magus está fuera de servicio y descubren que su hogar, antes tan desaliñado bajo el cuidado de Noir, ahora está impoluto gracias a Ciel.

Kanata invita a Ellie al Satélite Aqua. Ella se emociona pensando que es una cita. Pero, cuando llegan, ve allí al resto del equipo. Mientras pasan un estupendo rato en la piscina, Ciel sale al escenario y vuelve loca a la audiencia.

De camino al Nido de los Comerciantes, Kanata ve a un nómada caminando solo bajo la lluvia. Vuelven a toparse con él en el Nido de los Comerciantes, donde el nómada se presenta y afirma llamarse Alba. Alba es un nómada veterano y le dice a Kanata que ha estado investigando a los magus.

Algo o alguien ha estado causando estragos en los nidos circundantes a Villarroca. Kanata quiere investigar los sucesos, pero Tokio se niega. No se ponen de acuerdo, hasta que el líder de Villarroca les ordena que investiguen juntos. En plena tensión, Kanata se marcha por su cuenta.

Los nómadas de nidos vecinos se apresuran a Villarroca para ayudarlos con la Tormenta de Plata. Mientras, el misterioso grupo que va tras Noir aprovecha el caos y le ordena a Ciel que asesine a Kanata. Conforme se prolonga la batalla, los nómadas empiezan a perder toda esperanza de supervivencia.

Es la recta final de la batalla contra la Tormenta de Plata. No ha quedado nadie en pie y, aunque Kanata se niega a rendirse, hasta el Ogro Margarita mejorado está teniendo problemas. En este combate a vida o muerte, los temores de Noir afloran y sufre una transformación.

Unos días después de la agitada batalla contra la Tormenta de Plata, Noir sigue sin volver a la normalidad tras su transformación en Mystere. Kanata lleva a Mystere a sitios a los que fue con Noir con la esperanza de que esta despierte.

Mystere le revela a Kanata que Histoire existe. Prueba de ello es que ella y su antigua ama establecieron contacto con la red de Histoire durante sus viajes. Sin embargo, para que Kanata llegue a Histoire, antes tendrá que entrenar.

Kanata se dirige a la cercana Cartago, en la que se supone que hay un antiguo cosmódromo, en busca de la legendaria Histoire. Mientras intenta acceder, lo atacan de repente. Cuando se enfrenta a los asaltantes, le desafían a un duelo por su magus.

Noir descubre que su personalidad podría desaparecer cuando concluya la secuencia de autorreparación de Mystere. Acepta su destino porque cree que Kanata estará mejor junto a Mystere, pero Kanata no está al tanto de su decisión. Noir decide tener un último detalle con él y le prepara una comida.

La imprudencia de Noir provoca que ella y Mystere dejen de estar operativas. Al no despertar ninguna de las dos, Kanata le pide ayuda a Alba, pero este le dice a Kanata que necesita otro magus de tipo Cero para salvarlas. Kanata y Ciel parten hacia las ruinas de Amasia, donde tal vez encuentren uno.

Después de sufrir la traición de alguien en quien confiaba, Kanata acaba prisionero. Para colmo, dos de sus amistades están entre los miembros de Ideal. En un último giro de los acontecimientos, Weisheit revela una impactante historia de su pasado.

Ellie busca preocupada a Kanata. Lo encuentra en estado de shock, con una Ciel inmóvil en los brazos y echándose la culpa. Noir y Mystere van quedándose sin tiempo, pero Kanata sigue indeciso. En medio de una acalorada disputa, Kanata debe tomar una decisión.

Pascale dejó un mensaje en el que detallaba el pasado de Noir y Mystere. Es una historia que comenzó cuando estableció contacto con Histoire. Mientras, Macht recuerda la época en la que firmó un contrato con Schnee. Sus recuerdos revelan el secreto de Ideal mientras su batalla con Kanata se acerca.

Con la batalla contra Ideal a la vista, Kanata está ocupado mejorando a Álter Ogro Margarita. Mientras, Noir sigue sin poder aceptar que Ciel la salvara. Deambulando, se encuentra con una admiradora de Ciel. Mientras recuerdan sus canciones, Noir le dice a Kanata que quiere probar a cantar.

Con el cohete de Maria completado, Kanata por fin puede viajar a Histoire. Pero Ideal tiene otros planes e intenta detenerlo. La guerra estalla cuando Weisheit ordena a Macht que secuestre a Mystere delante de Kanata. La batalla entre Ideal y los nómadas de Villarroca arranca con una gran explosión.

Kanata decide perseguir a Weisheit en el último cohete que queda para recuperar a Mystere. Noir y él se despiden de los habitantes de Villarroca antes de llegar por fin a Histoire, donde Weisheit los espera con ansias.

Todo ha ido acorde al plan de Weisheit y no ha quedado ni un solo magus operativo. Sin embargo, Noir no se ha visto afectada debido a su origen tan singular. Toda la esperanza recae sobre sus hombros. Ha llegado la hora de que Kanata y Noir se enfrenten a Weisheit en la batalla final.