アルプス山麓の若草村という小さな美しい村に、音楽好きの一家が住んでいました。その一人娘のテンプルは、いつもママのピアノとパパのバイオリンによる演奏を楽しんでいます。そんなある日、どこからともなく風船に乗って飛んできた雲の子フワットが、テンプルの部屋に舞い降りてきたのです。驚かせてしまったお詫びに、フワットは素敵なものを見せてあげると風船に誘い、空へと飛び立ちます。ところが、山を越えるうちにテンプル達は嵐に流されて、知らない土地へと不時着してしまったのです。

フワットと風船に乗って遊んでいるうちに迷子になってしまったテンプルは、旅をしている男の子タムタムと出会います。タムタムに若草村を探して欲しいと頼むテンプルでしたが、タムタムは住んでいる世界が違うと冷たく言って、去ってしまいます。ですが、テンプルと別れたあとに天気が急変。遠くで気球が落下していくのを見つけたタムタムは、テンプルを助けようと森の中を必死に走るのでした。

嵐にあったテンプルは、ひどい熱を出して倒れてしまいました。タムタム達は、テンプルを元気付けようと、一生懸命に太鼓を打ち続けます。ですが、テンプルの意識はなかなか戻りません。フワットが見つけた猟師小屋でテンプルを休ませようとしますが、そこには子供嫌いの老人が住んでいたのです。熱にうなされるテンプルの様子に一行を招きいれ、看病をしてくれる老人。テンプルの姿に彼が思い出すのは、孫娘のジャンヌのことでした。

タムタム達のおかげで元気になったテンプルは、今日も若草村を目指して風船旅行を続けます。ところが、みんなが居眠りをしている間に風船が枝に引っ掛かってしまい、みんな風船から落ちてしまったのです。河に落ちたテンプルは、タムタムに助けられて、近くにあったゴンドラになんとか乗り込みます。そこへいきなり、棍棒を持った老人が現れ、泥棒と間違えられて怒鳴られてしまいました。タムタムの説明にもまったく耳を貸さない老人でしたが、彼の奥さんは優しくしてくれるのでした。

若草村を探して旅をするテンプルを慰めてくれるのは、タムタムと愉快な仲間達の演奏と、アルプスの美しい自然です。そんなある日、空の上からウサギが狼に狙われているのを見つけたテンプル達は、急降下して無事にウサギを助け出します。ところが、目を離している隙に気球が風に飛ばされてしまい、みんなは必死に追いかけるのですが、ついに見失ってしまったのです。そして、そんな一行のもとへと草むらから近づいてきたのは、なんと狼の子供でした。

険しい山の向こうに若草村があると聞いたテンプル達は、山を越える準備をするために麓の牧場で働き始めました。でも、何日経ってもタムタムは一向に出発しようとしません。テンプルに急かされてようやく腰を上げたタムタムでしたが、ようやく村に帰れると嬉しそうなテンプルに対し、山登りの間もずっと不機嫌なままです。それもそのはず、山を越えて若草村に到着したら、テンプルとお別れしなくてはいけないからです…。

とある町の野外音楽堂で、テンプル達はオーケストラのリハーサルを聴いていました。それはとても名演奏でしたが、指揮者のオストハイルは音楽の心を忘れ、テクニックや見栄えのよさこそが一番だと考えていたのです。そのことを指摘し、彼が愛用している宝石を散りばめた美しいタクトを奪った老人がいました。この老人こそ実はオストハイルのかつての先生で、彼は弟子に音楽の本当の心を取り戻させたかったのです。ですが、演奏会当日、オストハイルは自分のタクトにこだわり演奏を始めません。そこで老人は、テンプルに指揮をさせるのでした。

テンプルとケンカをしたタムタムは、バイオリンを弾く少女マリーと出会いました。マリーと仲良くなったタムタムはテンプルを無視するようになってしまい、心配した動物達は二人が仲直りするように、マリーのバイオリンを隠そうとします。それをとめようとしたテンプルでしたが、つい弾みでバイオリンを壊してしまったのです。マリーがそのバイオリンで路上演奏して、病気のお母さんを助けているのだと知ったテンプルはとても後悔し、一人街角でバトンを振り続けます。その姿に、タムタム達もいつしかドラムを叩いているのでした。

長い長い風船の旅が続いています。不安と疲れのためにみんなの心は暗く、お腹もすいてきました。町の広場を見つけた一行が、通りを演奏しながら歩いていくと、人々の歓声と拍手が沸き起こります。テンプルがバトンを振りながら歩き、チュッピーとガッペが陽気に歌い踊ると、町のみんながお金を投げてくれるのです。そのおかげで久しぶりの食事を味わい喜ぶテンプル達でしたが、タムタムは不満な様子で演奏はもうやらないと言い出すのです。

秋の収穫祭を控えたある村で、テンプル達はリンゴ泥棒と間違われ、捕まってしまいました。実は真犯人はジャンという少年なのですが、彼は上手く泥棒の容疑から逃れていたのです。ジャンは一年前の収穫祭の日に事故でお父さんを亡くしていて、そのため収穫祭を憎み、なんとしてでも祭りを潰してしまおうと考えていました。そんなジャンが自分と同じく一人ぼっちだと知ったタムタムは彼を庇おうとするのですが、なんと無実の罪を着せられてしまったのです。

山間の小さな町で雨宿り中のテンプル達は、降り続く雨に演奏が出来ず、困っていました。雨の中、食べ物を探していたドーラは、美しいメス猫のミケに出会います。ミケの後についていったドーラは、飼い主に食べ物を貰って大喜び。その頃、広場ではテンプル達が演奏を始めていましたが、ドーラがいないので上手くいきません。そこへようやくドーラが帰ってきたのですが…。

突然の嵐の夜に、テンプル達は街外れの空き家で休むことにしました。両親の待つ若草村を探して旅を続ける間に、何度恐ろしい目にあったでしょう…。不安にかられるテンプル達でしたが、旅の疲れにいつしか眠り込んでしまいました。そこへ忍び寄る影…。チュッピーの声にみんなが目を覚ますと、そこには一人の大男がいました。その男は、なんと警官に追われている大泥棒だったのです。

風船で荷物を運ぶ仕事をしながら暮らしている、サミーと出会ったテンプル達。実は昔の記憶がないサミーは、自分の過去を探す旅に出るためのお金を貯めていたのです。少しの間、仕事を手伝うことにしたテンプル達でしたが、ある日、サミーはみんなに黙って旅に出てしまいました。サミーの代わりに仕事を続けていたテンプル達は、病院にいる女の子へと子猫を届ける途中、ゴンドラの糸が切れて流れの激しい河へと落としてしまったのです。

嵐のせいで小屋へと非難する途中、捨てられていた子犬と出会ったテンプル達。みんなは飼い主を探してあげようとしますが、そのうちに子犬と離れがたくなってしまったテンプルは、自分が子犬のママになろうと決意します。ところがある日、チュッピーとタムタムは子犬のお母さんを見つけてしまったのです。

街の空き家に泊まっていたテンプル達は地震に遭遇し、炎に囲まれてしまいました。風船で逃げ出す途中、お母さんとはぐれたロザンナという少女を助け、悲しみにくれる彼女にアコーディオンをプレゼントして励まします。元気を取り戻したロザンナとテンプル達は、彼女の故郷の歌を頼りに両親を探し始めるのでした。

ジプシーの少年カルロスの母親に、両親のことを水晶玉で占ってもらったテンプル。占いの中で見た古城に出発するのですが、お城は見つかりません。そこでもう一度占ってもらおうとカルロスのもとへ戻るのですが、今度はカルロスが水晶玉で占いをしていました。お母さんと暮らす家を買うために、水晶を内緒で持ち出してお金を稼ごうとしていたのです。でも、上手く占うことが出来ず、怒り出す村人達。止めに入ったタムタムと村人がケンカになった拍子に、水晶玉は岩にぶつかって割れてしまいました。

テンプル達は、海岸でさくら貝を拾う少女アンナと出会いました。アンナは千個集めると願いがかなうというさくら貝を、漁に出たまま戻ってこないお兄さんの無事を祈るために拾っていたのです。そこでテンプル達も一緒に手伝い、ついに千個の貝を拾い集めました。祈りを捧げるアンナでしたが、三日経ってもお兄さんは戻ってきません。諦めたアンナが海へさくら貝を捨てていたその時、以前からアンナのお兄さんの船を狙っていたゴンザレスが、とうとう船を盗み出してしまったのです。

旅の途中で怪我をした渡り鳥を助けたテンプル達は、仲間のもとへと戻してあげようと群れを追って、《アントワーヌの像》と呼ばれる汚れた天使の像がある町へと到着しました。実はこの天使の像、アントワーヌという少年が毎日綺麗に掃除していたのですが、像から落ちて大怪我をし、父親に掃除することを反対されて、いつしか彼はこの町から姿を消したというのです。町長である父親は、悲しみからこの像を壊そうとしていました。ですがその夜、像が泣いているように見えたテンプルは、像を掃除してあげようと決めたのです。

フワットとケンカをしてしまったテンプル達。その間に立ち寄った町で、町の人々にバカにされながらも空を飛ぶ研究を続ける父親と、それを応援する息子ラリーに出会いました。ラリーは町の人々に空を飛べることを証明するために、父親が丘の上から飛ぶことが出来ると約束してしまいます。それを聞いたテンプル達は、陰から親子に協力することにするのでした。

旅の途中で出会ったおじいさんから、若草村のことを教えてもらったテンプル達。その方向へと進んでいくのですが、険しい雪山が行く手を阻んでいました。岩穴で吹雪が収まるのを待っているテンプル達のもとに、一匹の子供の狼が現れます。崖を上れず、お母さん狼のもとへ戻れない子狼を、なんとか返してあげようとするテンプル。そこへ雪崩が襲い掛かり、なんとか助かったものの、テンプルと子狼はタムタム達と離れ離れになってしまったのです。

嵐で海に不時着してしまったテンプル達でしたが、イルカの親子に助けられて、無事に町に辿り着くことが出来ました。その町で、親方によく似た男に出会うのですが、それは動物園の園長をしているという別人でした。お客が来なくなってしまった動物園での呼び込みをお願いされるテンプル達でしたが、旅の途中だからと断ってしまいます。翌日、問題の動物園を見つけたテンプル達は、そこで自分達を助けてくれたあのイルカの子が、捕らえられているのを見つけたのです。

生まれて初めて汽車を見たテンプル。町外れの小屋に泊まった夜、一人眠れずにいたフワットは、小屋の外に親方達がいるのを見つけました。テンプル達は捕まらないように、翌日のお昼に鉄橋の下に集まる約束をして、バラバラに逃げ出します。そして、一人で逃げたテンプルが辿り着いたのは、娘を亡くし寂しく暮らしているエマの家でした。

テンプルは若草村のことを聞いたことがあるというおじいさんと出会うのですが、おじいさんはどうしても思い出すことが出来ません。そこで思い出してくれるまで、家に泊めてもらうことにしました。実はおじいさんは花火師をしているのですが、今年は干ばつで花火を打ち上げられないのだそうです。花火のことで頭がいっぱいなおじいさんに若草村のことを思い出してもらおうと、テンプルはあることを思いつきました。

おじいさんのお陰でついに若草村への道を見つけ、すぐに出発することにしたテンプル達。ですが、そんな中でタムタムだけが浮かない表情をしていました。野宿をした朝、一人で道を探していたタムタムは若草村への道しるべを見つけたのですが、テンプルと別れてしまう寂しさから、思わず道しるべを反対にひっくり返してしまったのです。

蒸気船を見つけ、若草村のことを訪ねようと船の上に降りたテンプル達。そこで再会したおばあさんから若草村への道を思えてもらうのですが、大雨で足止めされてしまいます。それでも、みんなの協力でなんとか懐かしの若草村へと辿り着いたテンプルでしたが、なんと村は濁流に呑み込まれていたのです！