11 rok ery Meiji w centrum Tokio. Kaoru Kamiya, działająca mistrzyni stylu "Kamiya Kasshin-ryu", ścigała "Hitokiri Battosai", który twierdził, że jest użytkownikiem jej stylu miecza. Pewnej nocy Kaoru spotyka mężczyznę niosącego miecz. Natychmiast zagaduje mężczyznę, ale ten wydaje się nie mieć absolutnie żadnej woli walki. "Czy to jest ten Hitokiri Battosai, o którym krążą plotki?" Gdy Kaoru przygląda mu się z powątpiewaniem, mężczyzna przedstawia się jako Kenshin Himura, "Rurouni".

Minął tydzień od rozwiązania sprawy zabójstwa na rozdrożu, w której nazwa Kamiya Kasshin-ryu została podstępnie wykorzystana. Chociaż nazwa Kamiya Dojo została oczyszczona, nie ma żadnych oznak wzrostu liczby uczniów Kaoru. Przechodzący chłopak, Yahiko Myojin, kradnie portfel Kenshina. Kenshin oddaje mu portfel, mówiąc, że to jego wina, że pozwolił go ukraść. Yahiko jest oburzony traktowaniem go jak dziecko, ale ma powód, by odebrać pieniądze.

Kenshin porusza serce Yahiko, który postanawia rzucić kradzież kieszonkową. Yahiko odmawia zapłacenia Kanto Shueigumi i opiera się ich żądaniom, ale zostaje pobity. Kenshin przychodzi mu na ratunek i rozwiązuje sprawę. Żałując, że nie mógł sam rozwiązać problemu, Yahiko pragnie stać się silniejszy. Widząc to, Kenshin zabiera Yahiko do Kamiya Dojo.

Kenshin, Kaoru i Yahiko odwiedzają Akabeko, restaurację z gorącą wołowiną, gdzie grupa działaczy na rzecz praw demokratycznych wdaje się w ostrą kłótnię. Jeden z nich rzuca butelką sake, która trafia w Kenshina, powodując zamieszanie. Sanosuke Sagara, który akurat był w sklepie podczas kłótni, wstał i zdmuchnął aktywistów jednym uderzeniem w czoło. Widząc siłę Kenshina, Sanosuke poczuł ciekawość i zapytał: "Chcesz kupić ode mnie walkę?".

Kenshin konfrontuje się z Sanosuke, który z łatwością włada gigantycznym Zanbato. Jednak Sanosuke pokazuje swoją niesamowitą wytrzymałość po tym, jak z łatwością wytrzymuje uderzenie Kenshina. To sprawia, że Kenshin wymierza mu serię ciosów i Sanosuke pada na ziemię. Przez chwilę wydawało się, że zwycięstwo jest przesądzone. Jednak gdy Sanosuke jest oszołomiony, przypomina sobie powód swojej obsesji na punkcie zwycięstwa, swoją przeszłość sprzed dziesięciu lat, kiedy był w armii Sekiho...

Kenshin otrzymuje od szefa policji prośbę o pomoc w ujęciu "Kurogasy", seryjnego mordercy, który wielokrotnie atakował byłych wojowników Rewolucji. Kenshin i Sanosuke idą eskortować Jusanro Tani, który otrzymał list zawierający groźbę śmierci. Zgodnie z ostrzeżeniem zawartym w liście, punktualnie o 1:00 w nocy pojawia się Kurogasa. Jego prawdziwą tożsamością był Jine Udo, włóczęga, który wyrobił sobie markę w branży zabójstw od czasów Bakumatsu Era.

Wiedząc, jak silny był Kenshin, gdy był Hitokiri Battosai, Jine bierze Kaoru jako zakładnika, aby podsycić gniew Kenshina. Obaj wdają się w zaciekłą walkę. Jednak Jine, wierząc, że Kenshin nie odzyskał jeszcze swojej dawnej siły, zadaje Kaoru Nikaido Heiho "Shin no Ippo", powodując, że przestaje oddychać. Mając tylko dwie minuty do śmierci Kaoru z powodu uduszenia, gniew Kenshina sięga zenitu.

Przyjaciel Sanosuke zmarł z powodu przedawkowania opium. Kenshin i Sanosuke nie wiedzą jednak, jak udało mu się zdobyć narkotyk, ponieważ opium jest zakazane i zbyt drogie, by przeciętny człowiek mógł sobie na nie pozwolić. Wtedy pojawia się przed nimi tajemnicza kobieta, Megumi Takani. Kenshin i pozostali walczą z prywatną armią Kanryu Takedy, która próbuje schwytać Megumi. Megumi ma jednak przy sobie opium...

Hyottoko, członek grupy Oniwaban, napada na Kamiya Dojo, gdzie ukrywa się Megumi. Wypuszcza swój specjalny atak "Ognisty Oddech", w którym zionie ogniem z ust na Kenshina i Sanosuke. Przewidując porażkę Kenshina i reszty po pojawieniu się potężnego szpiega średniej rangi, Megumi próbuje uciec z miejsca zdarzenia, ale Kaoru zatrzymuje ją i mówi: "On walczy dla ciebie", mówiąc jej, by wierzyła w siłę Kenshina.

Prześladowcy z grupy Oniwaban nie pojawili się od ponad tygodnia, a w tym czasie Megumi zapoznała się z grupą Kamiya Dojo. Jednak Sanosuke wciąż czuł się zaniepokojony i sfrustrowany, wiedząc, że to Megumi wyprodukowała opium, które spowodowało śmierć jego przyjaciela. Pewnego dnia Megumi nagle znika. W liście, który od niej znaleźli, było napisane, że odeszła z własnej woli, ale Kenshin i inni uznali to za nienaturalne. Postanawiają udać się do rezydencji Kanryu Takedy, człowieka, który wysyłał za nią szpiegów.

Kenshin, Sanosuke i Yahiko próbują odbić Megumi z rezydencji Kanryu. Na ich drodze staje Han'nya, szpieg grupy Oniwaban. Potraktował Kenshina swoimi umiejętnościami sztuk walki i "Zaklęciem Rozszerzającym Ramiona", ale Kenshinowi udało się go pokonać, gdy odkrył sekret techniki podczas walki. Gdy już wydawało się, że bitwa dobiegła końca, Han'nya zdejmuje maskę i ujawnia swoje prawdziwe oblicze.

W końcu Kenshin staje do walki z Aoshi Shinomori, szefem grupy Oniwaban. W erze Bakumatsu obsesyjnie walcząca "grupa Oniwaban" straciła sens istnienia po poddaniu zamku, któremu służyli, nie będąc nawet w stanie walczyć. Aoshi nie jest w stanie znieść tego żalu i usilnie dąży do zdobycia tytułu najsilniejszego wojownika. Jako były wojownik Rewolucji, Kenshin nie może tolerować konfliktu bez moralności. Dwóch mężczyzn, dla których zabijanie stało się zawodem w erze Bakumatsu, ściera się ze sobą, narażając swoją dumę.

Aby zabić Kenshina, Kanryu używa działka Gatlinga i zasypuje go gradem pocisków, nie bacząc na to, że dowodzona przez niego grupa Oniwaban również zostanie trafiona tym atakiem. W obliczu tego niecnego czynu, grupa Oniwaban w pełni wykorzystuje swoje indywidualne umiejętności, aby przeciwstawić się działku Gatlinga. W tym momencie cel ich i Kenshina staje się jeden. Kenshin i grupa Oniwaban łączą siły, by stawić czoła przytłaczającej sile nowoczesnej broni.

Yahiko, jedyny uczeń Kamiya Dojo, zaczął od czasu do czasu odchodzić od treningu. Mówi, że po prostu idzie na spacer, ale jasne jest, że traktuje swój trening szermierki bardzo poważnie i nie wygląda na to, że opuszcza trening, aby się zrelaksować. Zaciekawieni tym, co robi, Kenshin, Kaoru i Sanosuke postanawiają go śledzić. Jaki dokładnie jest powód ucieczki Yahiko?

Kaoru, Kenshin i Yahiko odwiedzają Maekawa Dojo na sesję treningową. Dojo jest bardzo ożywione, a trening Kaoru jest dobrze przyjmowany przez uczniów innych stylów miecza. Wtedy do środka wdziera się szermierz o imieniu Isurugi Raijuta. Mówi, że martwi się o przyszłość sztuki miecza, a mężczyzna, noszący tylko prawdziwy miecz, odrzuca pomysł pojedynku na bambusowe miecze. Aby pokonać pretendenta, Maekawa, mistrz Maekawa Dojo, podejmuje walkę z Raijutą, ale...

Raijuta, który chce ożywić morderczy miecz, uważa Kenshina, który zaprzecza jego pomysłowi, za wroga. Raijuta rozpoczyna walkę, używając swojego prawdziwego miecza, ale Kenshin zadaje cios, który łamie miecz Raijuty i powstrzymuje dalszą eskalację sytuacji. Po pewnym czasie do Kamiya Dojo przybywa Yutaro, chłopak, który twierdzi, że jest uczniem Raijuty. Twierdzi, że przyszedł wyzwać Yahiko, z którym się nie dogaduje, na pojedynek, ale sposób, w jaki Yutaro trzyma swój bambusowy miecz, nie jest dobry...

Yutaro został ciężko ranny mieczem Raijuty i to tak poważnie, że już nigdy nie będzie w stanie machać mieczem tą ręką. Chociaż Yahiko do tej pory ciągle nie zgadzał się z Yutaro, bardzo dobrze rozumiał, co znaczy dla niego szermierka. Bierze Yutaro za rękę i wyprowadza go z pokoju medycznego, aby mogli być świadkami ostatecznej bitwy pomiędzy Kenshinem i Raijutą.

Głęboko w nocy, na leśnej ścieżce, rozpoczyna się pojedynek Kenshina i Raijuty.

Sanosuke odwiedza restaurację sukiyaki Akabeko, w której zawsze zostawia rachunek. Jedna z pracownic Akabeko, Tae, prosi go, by w jej imieniu kupił obraz Nishiki w sklepie z obrazami. Chociaż Sanosuke nie interesował się obrazami, znalazł w sklepie jeden, który przykuł jego uwagę. Był to obraz człowieka, którego uważał za swojego mistrza, kiedy był członkiem armii Sekiho, kapitana Sagary. Z błyskiem w oku, Sanosuke udaje się na spotkanie z twórcą obrazu.

Tsunan pragnie oczyścić się z dziesięcioletniego, nierozwiązanego żalu związanego z armią Sekiho. Wczuwając się w jego sytuację, Sanosuke dołącza do Tsunana, planując atak na Ministerstwo Spraw Wewnętrznych. Jednak Kenshin czekał na nich wewnątrz budynku, aby ich powstrzymać. Widząc byłego rewolucyjnego wojownika stojącego im na drodze, w ten sam sposób, w jaki stawiali czoła rewolucyjnym wojownikom, gdy byli w armii Sekiho, duch walki Tsunana płonie. W Kenshina zostaje rzucona seria ładunków wybuchowych.

Kenshin i grupa spędzają razem czas przy herbacie. Grupa prosi Kenshina o przedstawienie ciekawej historii z jego podróży, szczególnie prosząc o "historię, która jest niezwykła, zabawna i zawiera pokonanie złoczyńcy". Odpowiadając na ich prośby, Kenshin postanawia opowiedzieć im o kimś, kogo spotkał, gdy odwiedzał obcą osadę w tętniącej życiem Jokohamie. Był to zagraniczny lekarz o imieniu Elder, który zawsze nosił maskę.

Obecny Kenshin porzucił swoją przeszłość zabijaki i zapragnął pokojowego świata. Chociaż Elder patrzył na niego z zakłopotaniem, Kenshin wiedział, że Elder również podziela to samo pragnienie zdrowego społeczeństwa i poczuł z nim więź. W międzyczasie inny lekarz, Deian Ishizu, planował pozbyć się Elder, ponieważ Elder nie szukała zysku pieniężnego w zamian za swoje usługi medyczne, a Deian uważał, że zakłóca to jego działalność. Deian zatrudnia Espirala, mistrza szermierki zachodniej, aby pozbył się Elder. Wygląda jednak na to, że Espiral ma zupełnie inny motyw podjęcia się tego zadania...

Kenshin ma sen, w którym wspomina Shinsengumi, z którymi walczył, gdy był wojownikiem rewolucyjnym. Shinsengumi to grupa wysoko wykwalifikowanych szermierzy, z którymi walczył na równi, gdy był Hitokiri Battosai. Czuje się zaniepokojony i zastanawia się, dlaczego nagle sobie o nich przypomniał. Gdy napięcie nie słabnie, tajemniczy mężczyzna o wyjątkowych oczach składa wizytę w Kamiya Dojo, gdy Kenshina, Kaoru i Yahiko nie ma w domu. Kiedy spotyka Sanosuke, który akurat był w Dojo, twierdzi, że jest Goro Fujitą, sprzedawcą leków, ale...

Po pokonaniu Arundo Akamatsu, Kenshin wraca do Kamiya Dojo i widzi Hajime Saito. Hajime przedstawił się Kaoru i Yahiko jako Goro Fujita, policjant, a oni zaprosili go do Dojo bez żadnych podejrzeń. Hajime krytykuje Kenshina i pozostałych za ich naiwność. W ciągu ostatnich dziesięciu lat, gdy Kenshin umył ręce od zabijania ludzi, Hajime doskonalił swoje mordercze zamiary i umiejętności jako zabójca, a teraz dzikość Hajime była skierowana przeciwko nim.

Osobą, która wysłała Hajime, by stawił czoła Kenshinowi, jest nikt inny jak szef Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, były wojownik Rewolucji Domeny Satsuma, Toshimichi Okubo. Poprosił on Kenshina o udanie się do Kioto w celu powstrzymania tajnych planów człowieka, który twierdzi, że jest prawowitym następcą Hitokiri Battosai. Jednak człowiek ten miał zostać zabity 10 lat temu przez swoich własnych towarzyszy w rządzie, ponieważ uważali go za zagrożenie. Jaka będzie odpowiedź Kenshina na prośbę o przeprowadzenie zabójstwa?