11º año de la Era Meiji en el centro de Tokio. Kaoru Kamiya, el maestro en funciones del estilo 'Kamiya Kasshin-ryu', estaba persiguiendo al 'Hitokiri Battosai', quien afirmaba ser un usuario de su estilo de espada. Una noche, Kaoru conoce a un hombre que lleva una espada. Inmediatamente, cuestiona al hombre, pero él parece no tener absolutamente ninguna voluntad de pelear. '¿Es este el rumoreado Hitokiri Battosai?' Mientras Kaoru observa dudosamente, el hombre se presenta como Kenshin Himura, un 'Rurouni'.

Llega a la ciudad un hombre con una fuerza casi sobrehumana y amante de las peleas que se gana la vida como mercenario.

Un asesino conocido como «Sombrero Negro» está cazando patriotas, así que el comisario pide ayuda a Kenshin para capturarlo.

Después de que Kenshin y Sanosuke protejan a Megumi, una casualidad hará que por fin todos conozcamos cuál es su pasado.

Kenshin y compañía se lanzan a rescatar a Megumi, pero allí los esperan los tipos más importantes del oniwaban-shu, entre ellos Hannya y Shikijo.

Kanryu está usando su ametralladora para acabar con todos los que le hagan frente, así que Kenshin deberá hacer algo si quiere salir con vida.

Hay un artista muy famoso por la zona que parece ser que tiene algún tipo de vínculo pasado con Sanosuke.