明治十一年、東京・下町。“神谷活心流”師範代の神谷薫は、その流儀の名を騙る辻斬り“人斬り抜刀斎”を追っていた。ある日の夜、薫は刀を持ち歩く一人の男と出会う。すかさず男を問い詰めるも、まるで戦う様子がない。「これがあの人斬り抜刀斎？」怪訝な様子の薫に、男は自らを“流浪人”緋村剣心と名乗る。