巨大刀剣・斬馬刀を軽々と振り回す左之助と対決する剣心。一撃ではものともしない異常な打たれ強さを誇る左之助に、剣心は連撃を打ち込む。地面に倒れる左之助。勝敗は決したかに見えた。だが左之助は意識朦朧とする中、勝利への執着の元となった十年前・赤報隊での過去を思い出す。

観柳邸で恵を奪回すべく奔走する剣心・左之助・弥彦。彼らの前に立ち塞がったのは、御庭番衆の密偵方・般若。拳法家としての実力と『伸腕の術』で剣心を翻弄するも、戦いの中で術の秘密を暴いた剣心は見事攻略してみせる。勝負ありかと思われた時、般若は自らの面を外し、驚愕の素顔を見せる。

雷十太の剣を受けた由太郎は、右腕に重傷を負い、二度と剣が振れなくなってしまう。由太郎と喧嘩ばかりしていた弥彦だが、彼の剣術にかける想いは誰よりも知っている。弥彦は由太郎の手を取り、剣心と雷十太の決闘を見届けに診療室を出る。夜の林道で、怒りの剣心と雷十太の対決が始まった。

人斬りの過去を断ち平和な世を願う剣心は、奇異な目で見られようとも健やかな世を望む医師エルダーの想いに共感していた。その頃、無報酬で治療するエルダーを商売の邪魔と感じていた医者・石津泥庵が、西洋剣術の使い手・エスピラールを雇う。泥庵は彼にエルダーの始末を依頼するが、エスピラールには依頼とは別の目的があった――。