与轻松挥舞着巨大刀剑、斩马刀的左之助对决的剑心。剑心对以一击无法企及的异常打击强度而自豪的左之助，打进了连击。倒在地上的左之助。看来胜败已成定局。但是左之助在意识朦胧中，想起了对胜利执着的十年前赤报队的过去。

为一举击垮剑心与四乃森苍紫，武田观柳出动了格林机关砲，朝剑心等人疯狂地扫射。听闻枪响连忙赶来的其他「御庭番众」，眼见头子陷入危机，纷纷奋不顾身地以身护主…

弥彦为了某个目的，瞒着小薰等人偷偷地来到赤别户打零工，却在无意间发现新店员三条燕遭人威胁。为了帮助小燕，弥彦决定不借助剑心等人的帮助，选择独自与敌人一战…

为了帮赤报队与相乐总三洗刷污名，并推翻明治政府，月冈克浩带着自制的炸弹，与左之助来到内务省。然而剑心却彷彿知情似的，早一步出现在内务省的庭院内…

石津泥庵为了除掉艾尔达，找来西洋的剑术高手艾斯皮拉尔。然而艾斯皮拉尔远渡重洋赴日的目的，只为与日本武士一战。当艾斯皮拉尔碰上剑心，一场东洋武士与西洋剑士的对决就此展开…

某日，剑心等人外出返家时，发现左之助遭人打成重伤。剑心从遗留在现场的打斗迹象和物品判断，出手伤人的很可能就是维新志士的宿敌，前新撰组队员斋藤一…

解决赤末后，剑心返家才赫然发现斋藤就在道场里。过去两人曾多次交手，但最终没能分出高下。幕府末年的未完之战，如今又在明治这个新时代重新点燃战火…