御庭番众之一的火男袭击了藏匿惠的神谷道场。用口吐火的必杀『火焰吐息』攻击剑心和左之助。对强有力的中位隐密的登场预料剑心们的败北的惠，打算从那个场合逃跑。薰挽留着那样的惠。“我是为了你而战斗的”这样说着，说要相信剑心的强大。

在观柳邸为了夺回惠而奔走的剑心、左之助、弥彦。阻挡在他们面前的是御庭番众的密探方般若。作为拳击家的实力和用『伸臂之术』玩弄剑心，不过，在战斗中暴露了术的秘密的剑心漂亮地攻略给大家看。被认为有胜负的时候，般若卸下自己的面具，露出惊愕的素颜。

弥彦为了某个目的，瞒着小薰等人偷偷地来到赤别户打零工，却在无意间发现新店员三条燕遭人威胁。为了帮助小燕，弥彦决定不借助剑心等人的帮助，选择独自与敌人一战…

剑心虽已看穿雷十太的擅用招式「饭纲」的原理，但在右手负伤的情况下，对战起来显得有些吃力。所有纷争落幕后，身心俱疲的由太郎则是在父亲的安排下准备离开日本…

时光倒回剑心的流浪人时期…某一天他流浪到横滨时，意外邂逅身分成谜、总是戴着面具的外籍医师艾尔达。然而艾尔达免费行医的举动引来当地大夫石津泥庵的不满，甚至企图对他不利…

解决赤末后，剑心返家才赫然发现斋藤就在道场里。过去两人曾多次交手，但最终没能分出高下。幕府末年的未完之战，如今又在明治这个新时代重新点燃战火…