La vie au dojo semble dorénavant paisible pour Megumi, bien que Sanosuke ne le voie pas d’un très bon œil. Toutefois, Kanryû et ses hommes n’ont pas encore dit leur dernier mot.

Ces derniers temps, Yahiko a tendance à disparaître du dojo sans prévenir. Chacun se fait sa petite idée sur le pourquoi du comment. Pourtant, Yahiko a un objectif déjà bien déterminé en tête.

Sanosuke accompagne son ancien acolyte du Sekihotai pour attaquer le ministère de l’Intérieur. Toutefois, l’attaque sera de courte durée, puisque Kenshin viendra mettre son grain de sel.

Pendant que Kenshin affronte son ennemi, qui n’était qu’un leurre, Hajime Saitô se rend de nouveau au dojo, sous couverture, pour attendre celui qu’il considère toujours comme Battosai le tueur.