左之助の友人が阿片の過剰摂取で命を落とした。しかし阿片は禁止された麻薬である上、買うにも高価で一般人には手が出ない代物。なぜ、と訝しがる剣心と左之助の前に、謎の女・高荷恵が現れる。恵を捕まえんとする武田観柳の私兵を撃退する剣心たち。しかし恵は阿片を持っていて……。

恵を匿っていた神谷道場を、御庭番衆の一人・火男が急襲。口から火を吐く必殺『火炎吐息』で剣心と左之助を攻撃する。強力な中位隠密の登場に剣心らの負けを予期した恵は、その場から逃げようとする。そんな恵を引き留める薫。「あなたの為に闘ってるのよ」そう言って、剣心の強さを信じるよう話す。

剣心は遂に御庭番衆の頭・四乃森蒼紫と対峙する。幕末、無血開城によって戦えぬまま役目を終え、存在意義を失った異形の戦闘狂たち＝御庭番衆。その無念を持て余し、ひたすらに最強の称号を追い求める蒼紫。かつての維新志士として、大義なき争いを許せない剣心。幕末に殺しを生業とした二人が、プライドをかけて激突する。

観柳は剣心を殺すべく、配下だった御庭番衆もろとも狙ってガトリングガンで銃弾の雨を降らせる。その凶行を前に、御庭番衆は各々の能力を駆使してガトリングガンに対抗。この一時において、彼らと剣心の目的は一つになった。剣心と御庭番衆は手を組み、圧倒的な力を持つ近代兵器に挑む。