剣心はかつて維新志士として敵対した新撰組を夢に見る。人斬り抜刀斎だった彼が決着をつけられぬほどの手練だった者達である新撰組。なぜ今こんな事を思い出したのか、と剣心は訝しむ。そんな折、剣心・薫・弥彦が留守の間にある男が神谷道場にやってくる。特徴的な目をしたその男は、たまたま居合わせた左之助に、薬売り・藤田五郎と名乗るが……。

赤末有人との戦いを制した剣心は、神谷道場で斎藤一と再会する。警官・藤田五郎として訪ねてきた一のことを、薫たちは警戒することなく招き入れたのだ。剣心たちのその甘さを糾弾する一。剣心が人斬りから退いた十年間、殺し屋として殺意と腕前を研ぎ澄ましてきた一の刀が、牙を剥く。

剣心に一を仕向けたのは、元薩摩藩の志士にして内務省の長・大久保利通であった。人斬り抜刀斎の実質の後継者であったある男が京都で暗躍しており、止めてほしいというのだ。その男は十年前、彼を危険視した政府から――つまり、同志の手により抹殺されたはずだった。その暗殺を依頼された剣心の答えとは……？