11 rok ery Meiji w centrum Tokio. Kaoru Kamiya, działająca mistrzyni stylu "Kamiya Kasshin-ryu", ścigała "Hitokiri Battosai", który twierdził, że jest użytkownikiem jej stylu miecza. Pewnej nocy Kaoru spotyka mężczyznę niosącego miecz. Natychmiast zagaduje mężczyznę, ale ten wydaje się nie mieć absolutnie żadnej woli walki. "Czy to jest ten Hitokiri Battosai, o którym krążą plotki?" Gdy Kaoru przygląda mu się z powątpiewaniem, mężczyzna przedstawia się jako Kenshin Himura, "Rurouni".

Kenshin ma sen, w którym wspomina Shinsengumi, z którymi walczył, gdy był wojownikiem rewolucyjnym. Shinsengumi to grupa wysoko wykwalifikowanych szermierzy, z którymi walczył na równi, gdy był Hitokiri Battosai. Czuje się zaniepokojony i zastanawia się, dlaczego nagle sobie o nich przypomniał. Gdy napięcie nie słabnie, tajemniczy mężczyzna o wyjątkowych oczach składa wizytę w Kamiya Dojo, gdy Kenshina, Kaoru i Yahiko nie ma w domu. Kiedy spotyka Sanosuke, który akurat był w Dojo, twierdzi, że jest Goro Fujitą, sprzedawcą leków, ale...

Po pokonaniu Arundo Akamatsu, Kenshin wraca do Kamiya Dojo i widzi Hajime Saito. Hajime przedstawił się Kaoru i Yahiko jako Goro Fujita, policjant, a oni zaprosili go do Dojo bez żadnych podejrzeń. Hajime krytykuje Kenshina i pozostałych za ich naiwność. W ciągu ostatnich dziesięciu lat, gdy Kenshin umył ręce od zabijania ludzi, Hajime doskonalił swoje mordercze zamiary i umiejętności jako zabójca, a teraz dzikość Hajime była skierowana przeciwko nim.

Osobą, która wysłała Hajime, by stawił czoła Kenshinowi, jest nikt inny jak szef Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, były wojownik Rewolucji Domeny Satsuma, Toshimichi Okubo. Poprosił on Kenshina o udanie się do Kioto w celu powstrzymania tajnych planów człowieka, który twierdzi, że jest prawowitym następcą Hitokiri Battosai. Jednak człowiek ten miał zostać zabity 10 lat temu przez swoich własnych towarzyszy w rządzie, ponieważ uważali go za zagrożenie. Jaka będzie odpowiedź Kenshina na prośbę o przeprowadzenie zabójstwa?