剣心に一を仕向けたのは、元薩摩藩の志士にして内務省の長・大久保利通であった。人斬り抜刀斎の実質の後継者であったある男が京都で暗躍しており、止めてほしいというのだ。その男は十年前、彼を危険視した政府から――つまり、同志の手により抹殺されたはずだった。その暗殺を依頼された剣心の答えとは……？