제국의 요새에서 탈출한 이름 없는 한 소녀는 추격자들을 따돌리고 바다로 뛰어들어 항구도시 아르키로 향한다. 보이는 모든 게 신기한 이 소녀는 쿠우미라는 이름을 얻고 마을을 산책하는데 마을을 거수가 덮치고 쿠우미 또한 추격자들에게 발견된다. 위기에 처한 쿠우미의 힘이 폭주하기 시작할 때 떠돌이 거수 사냥꾼 ‘미처 죽지 못한’ 지이로가 쿠우미의 손을 잡는데…

쿠우미는 영문을 모른 채 지이로가 시키는 대로 칸나기가 되어 나기모리인 지이로와 함께 붉은 눈의 거수에 맞서 싸운다. 지이로는 쿠우미의 도움으로 거수의 약점인 눈을 공격해 간신히 이기지만 부상을 입고 쓰러지고, 때마침 나타난 미야아의 도움을 받아 두 사람은 미야아의 대피소로 도망친다.

제국의 추적을 피해 이동하던 지이로 일행은 비로 인해 물이 가득 찬 골짜기 앞에서 비가 그치기 전까지는 더 이상 나아갈 수 없게 된다. 그때 미야아의 제안으로 짐승 인간들의 마을에서 신세를 지게 된 지이로 일행은 올해 짐승 인간의 마을에 나타나는 거수들이 특히 더 위험해졌다는 이야기를 듣는다. 그러나 자칫 칸나기의 존재가 탄로날까봐 선뜻 도와주지는 못하는데…

도박으로 돈을 벌던 지이로와 지이로의 일행 앞에 일곱 풀의 로마나가 나타난다. 쿠우미가 인신매매범에게 잡힌 걸로 착각한 로마나는 지이로에게 내기를 제안하고 연패한 지이로는 결국 창까지 뺏겨 버리고 만다. 그때, 홍수로 짐승 인간의 마을이 잠긴다는 소식이 들려오는데…

'약속의 반지'의 정체를 밝히기 위해 숲인간 마을로 향하던 지이로 일행은 산인간 마을을 경유하게 되고, 과거 산인간들과 악연이 있는 지이로는 불편해한다. 우연히 만난 '얼어붙은 겨울의 젠'이 써준 편지를 들고 산인간 마을로 향하는 지이로 일행. 젠의 편지에서 지이로의 이름을 발견한 산인간 족장 바반의 표정이 돌변하는데…

산인간 마을에서 신세를 지던 지이로 일행은 붉은 눈의 거수 출현이 자신이 지닌 칸나기의 힘 때문이 아닌지 걱정하는 쿠우미를 위해 이를 밝혀내기로 한다. 드디어 붉은 눈의 거수가 나타나고 나기모리의 감으로 산 정상으로 향한 지이로와 쿠우미는 그곳에서 예상치 못한 인물과 조우하는데…

뿔인간 마을에서 하룻밤 신세를 지게 된 지이로 일행은 지이로가 뿔인간 마을의 족장 고우자에게 아버님이라 부르는 것을 보고 놀란다. 사실 그곳은 지이로의 죽은 아내 토오카의 고향이며 고우자는 토오카의 아버지였던 것. 토오카의 무덤을 찾은 지이로는 추억에 잠기는데…

자신과 똑같이 생긴 28번을 맞닥뜨린 쿠우미는 연구소에서의 과거를 떠올린다. 22번째 실험체였던 쿠우미는 다른 실험체들과 함께 죽음은 구원이라 세뇌 당하며 끔찍한 실험을 당하다 도망쳐 나온 것. 혼자만 도망쳤다는 사실에 죄책감에 느낀 쿠우미는 어떻게든 28번을 설득하려 하는데…

쿠우미를 간병하는 지이로를 보며 로마나는 전장에서 봤던 냉혹한 나기모리와는 다른 모습에 신뢰감을 갖는다. 한편, 동료들을 구하고 싶어 하는 쿠우미를 위해 일행이 길을 나서자 고우자가 앞을 가로막는다. 심지어 뒤이어 나타난 젠은 쿠우미 일행과 마을 사람 모두를 죽이겠다 말하는데…

메자미의 연구소를 습격한 쿠우미 일행은 지이로와 쿠우미가 병사들을 상대하는 동안 나머지 멤버들이 쿠우미의 동료인 실험체들을 구해낸다. 드디어 파자드를 무찌르고 메자미가 있는 방까지 진입한 지이로에게 붉은 눈으로 변한 메자미는 이종족에 대한 적대감을 드러내기 시작하는데…

쿠우미의 수명을 조금이라도 연장할 방법을 찾아 수호인간 마을을 찾은 지이로 일행. 쿠우미의 힘을 봉인하는 의식을 앞두고 족장은 쿠우미에게 수호인간의 비밀을 밝힌다. 메자미가 악용해 쿠우미를 탄생시킨 시설이 바로 수호인간들의 종족 유지 장치였던 것이었는데…

거수를 낳는 거대한 거수의 등장으로 전투는 더욱 치열해지고 지이로를 메자미의 부하로 생각한 파자드는 자신의 기억을 내놓으라며 지이로를 공격한다. 한편, 다시 모습을 감춰 버린 미야아를 찾아다니던 메란에게 츠루기는 약속의 반지를 돌려주며 쿠우미에게 전해 줄 것을 부탁하는데…