由於英雄出現在世界各國，戰爭迎來終結。肩負日本和平的英雄「Shy」，是個超級靦腆的女孩子。某天，Shy被找去遊樂園的英雄秀當嘉賓，

那裡的雲霄飛車卻發生了意外……！？

惟子因為遊樂園的意外受了重傷，因此轉學到輝就讀的學校成為她的同學。輝因為沒能毫髮無傷救下她感到愧疚。而在故作堅強忍耐疼痛的惟子身邊，突然出現了一名神祕少年……

事件發生的幾天後，惟子跟輝兩個人一起出門遊玩。惟子卯足幹勁想對輝道謝，輝則是起初不太習慣而感到不知所措。就在兩人之間的氣氛變得越來越融洽時，Spirit來電要兩人一同前往英雄們的總部，而英國的英雄「Stardust」也同樣被叫來總部。

面對能力是操縱熱、空氣、力量「流向」的Stardust，Shy根本束手無策只能挨打。Stardust看穿Shy由於性格天真不適合當英雄，不過隨著場邊惟子的加油聲傳來，Shy自身擁有的能力也跟著覺醒。

輝結束跟Stardust的一戰回到日常生活中，久違地拜訪了附近的文具店。面對腰痛無法登山的老闆娘，輝把治好自己傷口的瑞士英雄「Lady Black」介紹給她。之後不知為何卻變成三個人一起去登山……？

收到北極發生意外的消息，Shy和Spirit一同前往現場。與中國的英雄「眠龍」會合之後，三人奔赴當地，但他們乘坐的直升機卻墜毀了。襲擊他們的正是Stigma的組織「亞馬拉里克」的成員之一，操縱寒冰的少女「斯維塔」。

Shy一行人擊退了斯維塔，不過Spirit身受重傷。回到基地的英雄們，為了找出Stigma的目標，聽惟子講述先前透過戒指連結Stigma內心世界的經歷。另一方面，斯維塔跟自己小時候長得很像這件事令Spirit始終耿耿於懷。

為了調查斯維塔的相關情報，Spirit與Shy一同前往Spirit的故鄉。Spirit的母親在她兒時便已不在人世，她久違地造訪了自己成長的孤兒院，調查過往的紀錄。然而她們卻在那裡發現Spirit的母親麗婭少女時代的照片，竟與斯維塔長得一模一樣。

Shy和Spirit與來襲的斯維塔、唔呼呼開戰，但斯維塔卻將整個孤兒院關進了她的「內心世界(亞馬拉里克)」。在這個與外界隔絕的空間之中，一般人甚至無法保有意識。Shy她們只好一邊與敵人交戰，一邊試圖把遭到牽連的孤兒院眾人救出去，然而……

斯維塔的真正身分，原來是因為Stigma的力量甦醒的Spirit母親麗塔娜，而她的力量也導致Spirit的兒時記憶被喚醒。接觸到母親辛酸過往的Spirit解除轉心，無法繼續戰鬥下去。

Spirit因為Shy的關係找回自己的心，再次進行轉心，並將幼年時期沒能傳達的想法告訴媽媽斯維塔。眼看兩人就要心意相通，唔呼呼卻出手妨礙。為了阻止力量開始失控的斯維塔，Shy和Spirit使出渾身解數一戰。

輝結束在俄羅斯的戰鬥回歸日常生活，卻因為累積疲勞感冒了。儘管輝嘴上說自己沒問題，擔心她的惟子卻堅持要照顧生病的她……

英雄們在經歷與斯維塔、唔呼呼的一戰之後回歸日常生活，於各自的國家繼續大顯身手。此時，Shy不知為何居然要接受記者專訪……？

放假期間輝與惟子兩人一起出去玩，遇見了一位名叫天王寺曖的少女，她表示今天是第一次造訪這個城鎮，無法坐視不管的兩人決定當起導遊。曖起初告訴兩人自己是來旅行的，但後來卻坦言其實是離家出走。

輝和惟子從突然出現於眼前的忍者朱鷺丸口中得知，曖是忍者村的公主。兩人進而得知曖是受自己的隨身佩刀「心刀・無垢」指引，來到這個城鎮。曖看穿輝其實就是英雄Shy，然後不知為何便決定要住到輝的家中……。

Shy和曖有了共同的目標，那就是「亞馬拉里克」。她們為了更加了解彼此，一起出門修行。Shy得到曖的啟蒙，感受到刀刃、石頭這些物品的內心。另一方面，在突然出現的黑球籠罩之下，東京消失了。各國英雄接獲通知後集結到天帝身邊，開始討論作戰方針。

以隊長Shy為首，加上Spirit、Lady Black、眠龍、以及曖五人為了拯救東京市民，衝入了黑球之中。在那裡面，人們像是喪失心靈一樣站在街上。在感到震驚的五人面前，亞馬拉里克的"憤怒之龍"怒氣突然現身，並襲擊了過來。

在怒氣之後，唔呼呼出現了。Spirit表示由她來與唔呼呼戰鬥，要Shy、曖和Lady Black先走一步。另一方面，曖在見過亞馬拉里克的成員後便開始感到迷惘。她告訴大家身處黑球中心的空虛，其實是她的雙胞胎妹妹昧，自己本來打算擊敗她。隨後，曖開始說起以前發生的某起事件。

在Shy、曖以及Lady Black面前，出現了來自亞馬拉里克的新敵人祈願。Lady Black因為祈願的「愛之箭」一時被迫覺醒了對Shy的愛意，清醒後氣到發抖的她決定負責跟祈願打到底。與此同時，正在對戰的怒氣與眠龍，雙方都已經筋疲力盡了……

當黑球內部的眾人戰得如火如荼之際，Stigma與Stardust在黑球外展開對峙。亞馬拉里克的成員之一夸巴拉奉Stigma命令與Stardust開打。看似一下就倒地的她，卻透過附身Stardust，發揮了自己的真本事。

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