La serie racconta le avventure del giovane Daiya Tsuwabuki, che ha perso il padre in un misterioso incidente in barca. Da quel momento Daiya, sostenendo che la causa di questa sparizione fossero stati dei mostri giganti, viene emarginato da tutti. Fino al giorno in cui gli stessi mostri ricompaiono insieme al Daiku-Maryu (Drago spaziale nella versione italiana), un potente "drago meccanico" guidato da un eroico equipaggio in lotta contro il malvagio esercito di Darius. Daiya viene convinto ad unirsi a loro e diventa il pilota del Gaiking, l'invincibile robot in grado di fronteggiare l'esercito nemico. Inizia così il viaggio di Daiya sul Drago spaziale, con lo scopo di sconfiggere gli invasori per proteggere la Terra e ritrovare suo padre.