殺し屋を生業とする来栖一騎と諏訪零。クリスマスの日。請けた依頼を遂行中、パパを捜していた4歳の女の子・ミリと出会い、ひょんなきっかけで一緒に暮らすことになる。愛から逃げて生きてきた一騎と愛を知らない零が、保育園のお迎えや食事の支度など戸惑いながらも、天真爛漫なミリと3人で奇妙な生活が始まる。

一騎をパパと呼び、懐いているミリ。一騎は文句を言いながらも、トイレに食事とミリの面倒をみていた。一方、2人にすっかりペースを乱されてしまった零は、一騎にミリをどうするのかと尋ねると、母親の元に戻すと言う。ミリは一騎たちが仕事で殺してしまったマフィアの愛人の子だった。しかし母親の手掛かりはなく、“ヤドリギ”のマスター・九棋久太郎にリサーチを頼む。そして新たな仕事の依頼を受けた一騎たちだったが……。

ミリの母親の居場所が分かった。一緒に暮らすうちミリに愛情めいた感情が湧いてきた一騎だったが、自分は子育てする柄じゃないと、手放す決意をする。別れの朝、ママのハンバーグが食べられると無邪気に喜ぶミリを連れて、母親の住む街に出かけた一騎たち3人。一騎はミリの母親と話をするが、すさんだ生活を送る母親を見かねる。一方、公園でミリをと遊んでいた零は、ふと自分の幼少時代の記憶を思い出す――。

再びミリと暮らすことになった一騎と零。しかし、毎日ミリの世話に追われ仕事がこなせない。そこでミリを保育園に通わせることに。保育園の入園手続きも初めての2人は、役所に出す書類も裏稼業で得た技術で偽装する始末。無事に入園することは決まったが、保育園に持っていく持ち物を揃えるのにも一苦労する。ミリに恥をかかせないよう一張羅を着せて登園させるが、保育園に行くのを楽しみにしていたミリの顔はなぜか晴れず……。

ミリの服や保育園の準備などに出費がかさみ、家計は火の車。仕事を再開しようと一騎は久太郎のもとを訪ねるが、殺し屋としての勘を取り戻すために与えられた仕事はターゲット身辺調査や現場の下調べばかり。そんな折、ミリの通う保育園が学級閉鎖になってしまう。しかもミリの宿題としてパパの仕事を調べてみんなの前で発表することに。仕事と子守りの両立で徹夜続き、疲労困憊の零が目を離した隙にミリが家を抜け出し迷子になってしまう。

めずらしく零が早朝から身なりを整えて出かけた。一騎とミリは見送ってから早速ミッションに取り掛かる。零が向かった先は、組織のボスで実の父親が待つ実家。条件付きで今の暮らしを許可されていた零だったが、諏訪家をいずれ継ぐ者として家に戻るように迫られる。また、組織を裏切った人物の始末をつけるよう命令されるが、見覚えのある顔だった。

その頃、家でパーティーの準備を進めるミリは無邪気に零と父親のことを一騎に尋ねる。家族の愛を知らずに育った零がターゲットと対峙した時に投げかけられた言葉の意味とは――。