While searching for his parents, Arin and the Ninja rescue a baby dragon, uncovering a new mystery and mission for the team.

In her match against Cinder, Wyldfyre's temper proves a liability in and out of the arena, and in order to stay in the Tournament, the Ninja invoke an ancient rule that requires them to compete in a race outside of Temple City.

Roby and Bleckt visit an injured Lloyd to complete the transfer of Zeatrix's powers; Arin links Bleckt to a clue in his investigation and follows him back to a secret office, where Wyldfyre has an idea to uncover his plans.

Arin learns a devastating secret about the Merge and confronts Lloyd as Cole stays behind to protect the dragon horns. Sora faces off against Nokt, and Wyldfyre is too late to stop the manipulation of the games.

À Impérium, Arin guide un groupe de jeunes justiciers motivés. Sora affronte une personne malfaisante de son passé. Lloyd libère une maîtresse élémentaire de prison.

Sora pirate les rapports d'Impérium pour retrouver Riyu. Nya et Kai explorent un mystérieux passage. Lloyd mène un combat épique contre une armée de Photacs.

Les ninjas n'abandonnent jamais ! Nya, Kai et Zane redonnent de l'espoir au combat contre Impérium, tandis que Lloyd découvre un mystère caché sous la ville.

La découverte d'un temple met les ninjas sur la piste d'un moyen d'arrêter les tremblements de Fusion. De son côté l'impératrice prépare sa revanche.

Les ninjas se séparent pour trouver les trois cœurs de dragon. Lloyd et Arin sont retardés par un gang des mers et leur horrible crabe géant.

Wyldfyre et Kai échappent de justesse à un autre obstacle et atteignent le Wildness mais le noyau du dragon jaune est possédé par des marées de lave, et Zane étudie la porte de téléportation du monastère avec M. Frohicky.

Dans la Terre des égarés, Nya retrouve une vieille connaissance tandis que Sora cherche une autre source d'énergie pour tenir à l'écart un drôle de monstre, le Stockeur.

Alors que les ninjas réfléchissent à un moyen de passer la barrière d'énergie d'Impérium, l'impératrice Beatrix teste une arme mortelle avec des cœurs de dragon volés.

Lorsque la fureur de l'impératrice Beatrix provoque de dangereux tremblements de fusion, les ninjas doivent travailler main dans la main pour sauver le monde.

Les ninjas protègent le Royaume des nuages contre Ras et sont témoin de la puissance de sa nouvelle arme : le Gong de la destruction.

Alors qu'ils sont encore secoués par leur défaite, Lloyd guide les autres ninjas vers un nouveau Maître censé leur enseigner le Spindestructeur.

Cole, Zane et la Sorcière tentent de mettre Scolette à l'abri, tandis que les ninjas atteignent les Terres de lave et découvrent que Ras les y attend.

Kai, Sora et Braséra s'infiltrent dans le Dojo de l'ombre tandis que Ras entame son rituel. Cole et Zane tentent de s'échapper de l’entrepôt magique.