死靈使「屍神殿」為尋求平穩的生活而轉生到現代的新宿。轉生至波爾卡體內的他在試圖擊退襲擊自己的少女「崎宮美咲」時失手殺掉了她，而這一幕恰巧被「情報販子·繰屋匠」的無人機給拍了下來，在接到他的消息後「仲介屋·克拉麗莎」找到了波爾卡。那時她們看到了波爾卡試圖使用魔術「修復」本已喪命的美咲的身體。克拉麗莎的部下們因為這預料之外的景象而感到無比困惑，紛紛舉槍對準了波爾卡。在衝突一觸即發的緊張氛圍當中，突然響起一陣警笛聲。得知孩子們被捲入火災當中，波爾卡為了救出他們朝發生火災的大樓飛奔而去。

波爾卡在「拷問大樓」裡住了下來，並和成為同伴的繰屋匠以及崎宮美咲一起開始摸索如何才能安穩度日。有個想要委託「殺手獵人」美咲工作的男人造訪了大樓。男人說他希望委託美咲處理掉她在過去抹殺的殺手陣場的同伴們，然而，這卻是陣場的同伴們設下的陷阱。美咲遭受到事先埋伏在那裡的男人們突如其來的襲擊。雖然她輕鬆化解掉了襲擊，但卻被委託她這項工作的男人從背後開槍射穿了身體……另一方面，為了調查波爾卡所引發的異常事件，新宿警察局生活安全科第三資料編輯係——通稱「三輯」的刑警們開始採取行動。

難以公開，即便公開也只會讓人認為是天方夜譚的奇怪犯罪——新宿警察局生活安全科第三資料編輯係，通稱「三輯」專門負責處理這種事件。以係長「岩野目椿」為首的三輯成員們將這類犯罪者稱呼為「災厄」，並持續對尚未解決的事件進行追查。在三輯的搜查物件名簿上新添一筆的，正是在火災現場出現的白骨以及「打結」在一起的男人們——這起由波爾卡引發的事件。三輯的刑警「荒瀨耿三郎」遇到了波爾卡和美咲，並看出美咲是「打結」事件的相關人員。另一方面，對克拉麗莎起疑的岩野目在酒吧「天桃孤狼」對她展開追問。與此同時，波爾卡和美咲來到了酒吧。

房間被燒掉的「四乃山小夜」來到了波爾卡的住處。據她所言，今後她打算要住在作為波爾卡居所的拷問大樓裡。派遣四乃山的家人和其護衛，試圖從波爾卡他們這裡撈取好處，這便是呂算的計畫。加上小夜和她的管家「小幽」，波爾卡一行人的嶄新生活就此拉開序幕。然而，小幽在得知波爾卡是假冒的之後，即便是衷心欽佩的呂算的命令，他也無法接受保護波爾卡這件事。為了揭露波爾卡的真實身份，小幽每天晚上都在竊聽波爾卡他們的對話。另一方面，岩野目注意到波爾卡是事件的中心人物，他來到波爾卡的占卜屋，並拜託波爾卡為自己占卜。

波爾卡順利地完成了岩野目的占卜。然而，當岩野目看到細呂木在紙上寫下的內容時，他的態度瞬間發生轉變。寫在紙上的是只有某個人和岩野目知道的標誌。岩野目對克拉麗莎進行逼問，詢問其唯一一個知道在占卜時得到的紙片上的標誌的人物——細呂木是否還活著。細呂木生前作為監察官與岩野目共事，他利用占卜為岩野目提供重要的情報。與此同時，雪天鴉同樣注意到了這一標誌，並開始採取行動。在預告進行犯罪的當天，新宿的上空中突然浮起數不清的飛行船。波爾卡在見到描繪在船體上的標誌時大吃一驚。那是波爾卡曾經身處的異世界——本已覆滅的帝國的國徽。