ボコ、ジョー、ジュンイチの仲良し3人組は、一緒に貯めたお金をいじめっ子に奪われてしまう。なんとか取り返そうと相手の居場所に向かう3人。だがその時、上空から爆発音が鳴り響く。

怪獣の居場所に関する機密情報を手に入れたと主張するブロディに呼び出され、ある場所に集合したボコ、ジョー、ジュンイチ。新たに仲間になった4人は、怪獣探索に乗り出してゆく。

ユースタス財団が所有する最新鋭の船に乗り込んだ一同のもとに、大型客船が怪獣に襲われたという報せが入ってくる。しかも次に狙われる可能性があるのは、怪獣と接触した子供たちだといい...。

検査のためにある島の基地に連れてこられた子供たち。ボコとジョーは意見が対立し、珍しく言い合いになってしまう。一方タザキはエミコを呼び出し、任務を降りようと思うと告げていた。

オリリウムのかけらに触れたボコと仲間たちの目の前に立ち現れたのは、大昔の恐ろしい記憶だった。エミコが子供たち、そしてバイラスを利用して何をしようとしているのかが明らかになる。

ガメラを復活させようと、極秘作戦を進める政府。ジョーに向けて通信で語りかけるボコ。そんななか、出し抜けにギャオスが襲いかかってくる。