宇宙世紀0079。ジオン公国の独立戦争で劣勢に陥った連邦軍は新鋭モビルスーツの開発と運用テストを“サイド７”で行っていた。それを察知したジオン公国軍のシャア・アズナブル少佐は偵察を差し向ける。その中の一人が軍功を焦り砲撃を開始。戦火に巻きこまれたアムロ・レイは、モビルスーツ“ガンダム”に乗りこむ！

避難民たちを受け入れた軍艦ホワイトベースでは、大半の正規軍人たちが死傷し、生き残った少年少女たちが協力してコロニー脱出の準備を進めていた。一方のシャア少佐は、連邦側モビルスーツの機密を求めて自らサイド７内部へ潜入していた。その姿を見とがめられた少女セイラ・マスに妹の面影を見たシャアは驚愕するが…。

新型モビルスーツの機密入手をあきらめないシャア少佐は、パプア補給艦から増援物資を受け取ろうとしていた。だが、ホワイトベースの士官候補生ブライト・ノアは、その瞬間こそが反撃のチャンスだと判断し、ガンダムとコア・ファイターを出撃。素人とは思えぬ的確な操縦で、アムロは奇襲攻撃を成功へと導いていく。

ルナツー内へ到着したホワイトベース。だが、ブライトやアムロたちを待っていたのは、ワッケイン司令による厳罰措置であった。連邦軍の最重要機密に触れた少年たちは牢獄へと幽閉され、ガンダムや他の新兵器も封印されてしまう。一方、シャア少佐は部下とノーマルスーツでルナツーへ潜入する作戦を決行しようとしていた。

ホワイトベースは南米の連邦軍本部ジャブローを目指すべく、地球への大気圏突入を敢行しようとしていた。そんなホワイトベースに、シャア少佐が攻撃を仕掛けてきた。戦闘は長引き、敵味方ともに帰還不能なポイントへと追いこんでいく…。ついに溶解して空中分解を遂げるザク。ガンダムも同じ運命をたどるのか？

大気圏を突破したホワイトベースにザビ家の末子ガルマ・ザビが指揮するガウ攻撃空母と戦闘機ドップの編隊が襲いかかってきた。さらに地上からは戦車マゼラアタックが砲撃を仕掛けてくる。アムロをガンタンクからガンダムに乗り換えさせたブライトは、この巧妙な敵包囲網からの突破を図ろうと考えるが…。

ホワイトベースは、コア・ファイターを弾道軌道に乗せて射出し、敵陣を飛び越すことで連邦軍本部との直接連絡をつけようとしていた。そんな中、避難民が暴動を起こすが、自分のやるべきことをするためにアムロは格納庫へ向かう。猛スピードで射出されたコア・ファイターを察知したシャアは、コムサイで迎撃に出るが…。

避難民の一部が、地上に降りたいと願い出た。それを理由に、ブライトはジオン公国軍へ休戦を申し出る。避難民を乗せたガンペリーは、密かにアムロのガンダムを地上へと降ろす。続いてカイのガンキャノンが地上へ降下し、敵を引きつける。湖の背後からガンダムが挟撃するという、ブライトの巧妙な作戦がスタートした。

ささいなすれ違いが積み重なり、ついに戦闘を拒絶してしまうアムロ。ブライトは任務を拒否するアムロに活を入れようとするが、アムロを逆上させる結果を招き、激しい口論となってしまう。だが、ブライトの捨てゼリフのシャアという名前に反応したアムロは出撃を決意し、ガンダムを使って驚くべき戦法を見せるのだった！

ニューヤーク市の前市長エッシェンバッハの娘イセリナとの恋をはぐくむガルマの姿を、シャアは冷ややかな目で見つめる。そんな中、市内にホワイトベースが潜伏したと報告を受け、ガウ攻撃空母で出撃するガルマ。友のためにとザクによる地上攻撃を申し出るシャアだったが、その裏には彼の恐るべき陰謀が隠されていた！

ガルマの復讐を誓うイセリナは、ホワイトベース追撃に同道した。ガンダムとガンキャノンがガウの翼に飛び乗って攻撃を開始するが、シャアのルッグン偵察機による爆撃でホワイトベースは推力を失ってしまう。その最中、ガンダムの姿を見たイセリナは、ガルマの死への怨みをこめてガウをガンダムにぶつけようとするが…。

ジオン公国でガルマの国葬が大々的に行われようとするのと同時に、猛将ランバ・ラルがホワイトベース討伐の任を帯びて戦艦ザンジバルで降下してきた。ザンジバルの追撃を振り切ることができなかったブライトは、ひどい虚脱状態のアムロをガンダムで出撃させる。そんな状態のアムロの前に凶悪な影が立ちはだかる。

母の待つ故郷に立ち寄っていたアムロ。母との再会を果たしたアムロは、見回りのジオン兵をやり過ごすため病人になりすますことに。だが、ブライトの出した緊急コールが兵の注意を引きつけてしまう。自己防衛のため銃撃したアムロは、その行為を母に叱責される。アムロは激しい断絶を感じながらも戦いを続けるのだが…。

襲撃を受けたマチルダのミデア輸送機を脱出させることに成功したガンダム。だが、それは敵パトロール部隊のクワラン曹長たちの計略であった。小型飛行兵器ワッパでガンダムに接近し、爆弾を取りつけていく兵士たち。シールドの爆発で仕掛けに気づいたアムロは帰投し、周囲の見守る中で爆弾を解除すべく孤軍奮闘するが…。

連邦空軍からの緊急信号を受け、アムロはコア・ファイターで近くの島に向かった。不時着した戦闘機を発見し瀕死のパイロットに応急手当を施すアムロ。そんな彼に、敵意を抱く子どもたちが近づき、ドアンと呼ばれる男がザクで現れた。ザクに撃墜され傷ついたアムロは、ロランという少女に手当てしてもらうが…。

中央アジアを西へ進むホワイトベースに、マ・クベ部隊を叩く大作戦参加のため５日以内にカスピ海を渡れというレビル将軍からの伝令が届いた。しかし塩が乏しくなっていたホワイトベースは、塩水湖へ迂回することに。それを狙い、ランバ・ラル隊が接近してきた。そんな中、セイラはガンダムで無断出撃しようとして…！

アムロにガンダム出撃が命じられたが、慢心したアムロは独断で乗機をガンタンクに変更してしまう。だが、そんなアムロの前にラルのグフが出現し、アムロは戦力差に後退を余儀なくされる。ガンダムに換装してシミュレーションどおりの戦いを試みたアムロだったが、それは実戦の厳しさを体感する結果を招いてしまう…。

脱走したアムロは、ジオン軍の鉱山基地を発見した。これこそオデッサ・デーの目標と思いこんだアムロは、ガンダムによる攻撃を独断で開始した。奇襲を受けたキシリアは、巨大兵器アッザムのテストを兼ねてマ・クベと出撃する。金属粉リーダーと放熱磁場により、ガンダムの表面は一瞬のうちに高熱に覆われた…！

アムロが食事をとっていたレストランに、ランバ・ラルが兵を率いて入ってきた。ラルがアムロに好感を持ち始めたとき、フラウが歩哨に捕らえられ店内は緊張に包まれる。アムロは、自分のおかげで放免されたフラウが後をつけられたと気づき、ホワイトベースに急行する。そして、ガンダム対グフの壮絶な一騎討ちが始まる！

ホワイトベースに戻ったアムロは、独房に入れられてしまった。一方、滞る補給に見切りをつけたラルは、ゲリラ屋本来のやり方に戻って小型戦車キュイに乗り白兵戦を挑んできた。強敵と思いこんでいたラルたちは、突入した艦内が少年兵ばかりで戸惑いを隠せない。混乱の中、ラルはセイラと鉢合わせしてしまうが…。

ラルの亡き後、ハモンは使命を完遂することで、その想いに応えようと出撃を決意する。そして、ハモンたちは乏しい兵力で弱い部分を一点突破する「錐の戦法」を開始した。接近するカーゴの自爆を察知して阻止を試みるアムロ。そのカーゴを押し返そうとするガンダムの背中に、ハモンはマゼラ・トップの砲口の狙いを定めた！

過労に耐えきれなくなったブライトは、高熱を発して倒れてしまった。そんな中、マ・クベの兵たちにより、ミノフスキー粒子射出口とＥＣＭ発信機を爆破されたため、無防備になったホワイトベース。ブライトに代わって不慣れな指揮をとるミライだったが、状況把握と経験の不足から、戦闘に大混乱を招いてしまう。

マ・クベの罠にかかり、ホワイトベースは不時着した。不安な面持ちで補給を待つミライに対し、ブライトは艦長代理を正式に依頼する。ヨーロッパ前線基地に到着したレビル将軍はホワイトベースを高く評価し、エンジン修理とガンダムのパワーアップ用メカ“Ｇファイター”を送り届けることをマチルダに指示するが…。

ホワイトベースでは、マチルダ中尉が少年たちに大人気となり、記念写真が撮影されるほどだった。そんな中、黒い三連星の乗るドムがホワイトベースに迫る。Ｇアーマーのパイロットに指名されたセイラは、戸惑いながらもガンダムと出撃。しかしドム三機はジェットストリーム・アタックを仕掛け、ガンダムを翻弄する！

Ｇファイターをテスト中のアムロは、連邦軍機がジオン軍から離陸する光景を目撃。後を追ったアムロは移動司令部ビッグ・トレーのエルラン中将にスパイの存在を告げる。そのとき、裏切者の本性を現したエルランはアムロに銃を向けたが、駆けつけた連邦軍兵士に身柄を拘束された。そしてついにオデッサ作戦が発動された…！

補給基地ベルファストで修理を受けることになったホワイトベース。スパイの少女ミハルからその情報を受け取ったのは、あの赤い彗星のシャアであった。一方、潜水艦ユーコンから水陸両用モビルスーツ“ゴッグ”が発進、上陸して連邦軍の地上部隊と交戦を開始した。ゴッグに立ち向かうアムロだったが、苦戦を強いられて…。

艦を降りることを決意したカイは、前に基地で声をかけてきた少女ミハルの家に招かれた。ミハルを見て、彼女の事情を察知したカイは、それとなくホワイトベースに関する情報を流してやる。さっそくマッド・アングラー隊に連絡を取ったミハルにシャアは、攻撃による混乱に乗じてホワイトベースへ潜入するよう命じる。

潜入したミハルを発見したカイは、彼女を自室にかくまう。カイがミハルに情報を教えた直後、シャア配下のフラナガン・ブーンがミハルと接触、撤収していってしまう。開始されたホワイトベース襲撃に子どもたちが巻き添えとなっていることを知ったミハルは、重い責任を感じ、カイとガンペリーで出撃するが…。

南米ジャブローの地球連邦軍本部へとたどり着いたホワイトベースだったが、敵マッド・アングラー隊に追跡されていた。第一次攻撃隊を発進させるシャア大佐。さらにジオン公国軍の大編隊がジャブロー上空に接近し、無数のモビルスーツを降下させて総攻撃を始めた。戦乱の中でアムロは、赤いズゴックを発見する！

正規に軍へ編入されることになり、カツ、レツ、キッカの処遇が問題になった。育児センターから脱走したカツたちは、ジムの工場に逃げのびる。だが、まさにそこを爆破しようとしていたジオン軍工作員たちと鉢合わせし、縛りあげられてしまうカツたち。懸命に縄を切ったカツたちは、時限爆弾を取り外そうと奮戦するが…。

ジャブローより宇宙に発進する主力戦隊から敵の注意をそらすため、囮のコースへ先発するよう命じられるホワイトベース。同時に補充要員としてスレッガー・ロウ中尉が加わった。シャア大佐はすかさず戦艦ザンジバルで宇宙へと追う。途中で囮と見ぬいたシャアであったが、逆に追撃戦を仕掛ける好機と判断して…。

元部下のドレン大尉にホワイトベースの迎撃を依頼したシャア大佐。スレッガー中尉もＧファイターで出撃し、リック・ドム編隊との交戦が始まった。艦隊戦に集中していたドレンは、ガンダムを見失ったとの報告を聞き不安に陥る。察知されないよう直上から接近したガンダムは、旗艦キャメルのブリッジに襲いかかった！

中立国家サイド６の領空へ入ったホワイトベース。入国査察を担当するカムラン・ブルームはミライの元婚約者であったが、彼女はカムランの歓待に冷淡な反応を示す。一方、アムロは、行方不明になっていた父・テムと再会する。だが、父は酸素欠乏症で脳障害を起こしたように見え、アムロは衝撃と哀しみのあまり嗚咽する…。

湖のコテージで白鳥を見つめる不思議な少女と遭遇したアムロ。父に別れを告げて戻る途中、悪路にバギーを立ち往生させてしまったアムロを救ったのは、サイド６に入港していたシャア大佐だった。横で微笑む湖畔の少女ララァ・スン…。ついにサイド６を出港したホワイトベース。そんな彼らをコンスコンの部隊が待ち受ける！

ついに連邦軍がソロモン攻略戦を開始。先鋒艦隊が持ちこたえている間に、ティアンム艦隊の主力はサイド１の空域にミラーを配置していた。太陽光を反射して焦点を形成し、ソロモンを焼きつくす。それは連邦軍の切り札ソーラー・システムの威力だった。突破口の開かれたソロモンに向け、モビルスーツ隊は進撃を開始した！

ソロモン攻略戦の中、ミライはＧファイター被弾のため一時帰投したスレッガー中尉を出迎える。彼女の涙にすべてを悟ったスレッガーは、母親の形見と称する指輪を託す。そして二人は唇を重ねるのだった。その後、ソロモン放棄を決意したドズル中将は、モビルアーマー“ビグ・ザム”で連邦軍主力艦隊への特攻を開始する。

ホワイトベースはテキサス・ゾーンの暗礁空域に向かった。だが、マ・クベ大佐は、ガンダムを仕留めて上司キシリアに報いようと行動を始めていた。同時に、そこにはララァと新型モビルアーマー“エルメス”の実験を行おうとするシャアの姿もあった。マ・クベは幾重にも罠を仕掛けてガンダムをコロニー深部へ誘いこむが…。

行動不能に陥ったガンダムの捜索に出たホワイトベース。そんな中、再会するシャアとセイラ。シャアの本名はキャスバル、セイラの本名はアルテイシア。二人は、ニュータイプ思想を掲げたジオン・ズム・ダイクンの遺児だった。父を暗殺したのはザビ家だと考えたキャスバルは、復讐のためにジオン軍に入っていたのだ…。

ジオン公国で「木星帰りの男」と呼ばれるシャリア・ブル。ニュータイプと認定されたシャリア・ブルは、ギレン総帥の命を受け、キシリアのもとに向かった。モビルアーマー“ブラウ・ブロ”を受領し、出撃するシャリア・ブル。だが、アムロはガンダムの背後からのオールレンジ攻撃を着実に回避し、一気に反撃に転じていく。

アムロの反射神経に追いつけなくなっていたガンダム。モスク博士は、ガンダムの関節に新技術マグネット・コーティングを施し、応答速度の向上を試みていた。一方、ララァの戦果に自信をつけたシャアはエルメスを実戦に投入。だが、二隻の戦艦を瞬時に沈めた彼女の異常な強さに、味方のパイロットは恐怖を覚えるのだった。

相対するララァとアムロ。サイコミュ誘導されたビットはオールレンジ攻撃でガンダムを包囲するが、アムロはコントロール系を読んで次々に撃破していく。先鋭化する二人の意識は共鳴し、思惟が直結して会話となっていく。思わず二人の間に割って入るシャア。そして、ガンダムがゲルググにとどめを刺そうとした瞬間…。

コロニーレーザー兵器ソーラ・レイの光は、デギン公王とレビル将軍ともども連邦軍主力艦隊の約半数を蒸発させてしまった。指揮系統と戦力を失い混乱した連邦軍艦隊だが、残存戦力を結集し、ア・バオア・クー進撃を開始。一方、自身のニュータイプの可能性に賭けたシャアは、未完成のモビルスーツ“ジオング”で出撃する。

相打ちになり、大破したガンダムとジオング。機体を捨てて真に倒すべき敵を認識するアムロの前に、シャアが生身で立ちはだかる。銃や剣で殺し合う、宿命の二人…。妹のセイラに別れを告げたシャアは、兵を見捨てて逃亡するキシリアを葬り去り、戦いに決着をつけた。一方、爆風に流され、絶望的な状況の中でアムロは…。