En 2307, pour conserver son économie et son prestige, chaque nation continue d'agir dans son propre intérêt. Les conflits armés perdurent depuis le 21e siècle. C'est lors d'une démonstration des Enact de l'AEU et de l'attaque d'une station orbitale que débarquent de nouveaux MS appelés « Gundam ». Ils permettent d'annoncer au monde entier, du fait de leur élégance et de leur puissance, l'éradication de la totalité des conflits mondiaux par une mystérieuse organisation nommée « Celestial Being ».

Dépassé par les interventions de Trinity, Setsuna prend les commandes de l'Exia pour les exterminer. Il est rapidement rejoint par le Virtue et le Dynamès. Acculés et effrayés par les conséquences d'un tel combat, les Trinity décident de battre en retraite en faisant part de quelques révélations sur les Meisters. Dans le même temps, Saji Crossroad se rend en Espagne voir Louise qui aurait été victime d'un accident l'empêchant de revenir au Japon.

Un MS des Nations Unies parvient à abattre une partie de l'équipage du Ptolémée, notamment Chris et Lichty. Setsuna et Lassé, de leur côté, démarrent leur affrontement contre l'Alvatore, le Mobile Armor venu soutenir l'ONU et piloté par le traître de Celestial Being, Alejandro Corner. Cette bataille décisive apportera-t-elle les réponses que cherchait Setsuna ?

Quatre ans ont passé, et l'équipage de Celestial Being ne sait toujours pas si Setsuna est vivant. Une attaque sur la colonie Proud où se trouve Saji Crossroad se prépare, et laisse supposer que cet événement de grande ampleur fera revenir le pilote de l'Exia.

Quatre mois après la chute de l'ascenseur orbital d'Afrique causé par le tir du Memento Mori 2, Celestial Being se lance à nouveau dans une expédition pour détruire l'arme satellite. Marie fait également partie des pilotes, mais cette dernière est très affectée par l'assassinat de son père adoptif, Sergeï Smirnov, au point de faire resurgir son ancienne personnalité.

La lumière de Setsuna a permis aux principaux conflits entre pilotes de se résoudre. En tant que véritable Innovator, il se dresse comme l'espoir de l'humanité et s'oppose une bonne fois pour toutes à Ribbons Almark, le grand responsable des derniers massacres perpétrés par les Forces Autonomes du Maintien de la Paix. Qui des deux incarne réellement le Projet d'Aeolia Schenberg ?