O ano é 2312 d. C., cinco anos após a primeira aparição da Celestial Being, e quatro anos após o grande combate com as tropas ONU. Graças aos Gundam Meisters, o mundo se encontra em união... mas não do modo que eles esperavam.

A A-LAWS começa a recrutar novos membros. Kati Mannequin e Soma Peries se inquietam com a nova organização.

A A-LAWS tenta prever os movimentos seguintes da Celestial Being e prepara uma armadilha. Os Meisters tentam resgatar Allelujah.

Após um duro combate cheio de encontros inesperados, todos reavaliam suas razões para lutar. Setsuna e Marina retornam a um lugar que lhes é muito caro.

Depois de ser surpreendido pela Katharon, o Ptolemaios se refugia no Deserto da Arábia. Klaus Grad, líder da Katharon, tem uma proposta para a Celestial Being.

A A-LAWS ataca novamente. As últimas palavras de um soldado em seu leito de morte transportam Sumeragi de volta a um momento trágico de seu passado.

Sumeragi retorna ao comando do Ptolemaios, mas o embate entre Allelujah e Soma Peries tem um desfecho inesperado, com graves implicações para todos ao seu redor.

Tieria fica chocado ao encontrar alguém igual a ele e descobrir ser parte de algo muito maior do que imaginava.

Quando Tieria tenta fazer Ali al-Saachez pagar pelo que fez, Lyle descobre a verdade sobre seu irmão.

O Reino de Suille se opõe ao plano da Federação de reorganizar o Oriente Médio, mas a Federação não aceita dissidências. Sergei Smirnov é enviado para a fronteira do país.

Enquanto Ian Vashti e os outros mecânicos da Celestial Being preparam uma máquina para dar suporte ao 00 Gundam de Setsuna, a A-LAWS traz à tona uma nova arma. Tieria fica furioso com Ribbons Almark e a A-LAWS.

O Ptolemaios tenta escapar dos ataques da A-LAWS, mas é encurralado pelas táticas de Kati Mannequin e pelos mobile suits inimigos.

A frota espacial da Katharon enfrenta enorme resistência ao realizar um ataque contra a A-LAWS. Os Gundam Meisters se juntam ao combate, mas podem estar caindo numa armadilha.

O Ptolemaios desce à Terra. Setsuna vai atrás dele, mas é surpreendido por outro Gundam.

O Ptolemaios recebe suprimentos da Katharon para realizar reparos, mas precisa de Setsuna para continuar o combate. A Federação sofre um golpe inesperado.

A A-LAWS muda seus planos após receber as notícias sobre o golpe contra a Federação. Setsuna direciona o 00 para a África na esperança de retornar à nave, mas reencontra um antigo inimigo, mais perigoso do que nunca.

Sem ter terminado os reparos, o Ptolemaios fica num impasse com a crise que se inicia. Setsuna tenta retornar à batalha e pede a ajuda de Saji.

Quatro meses se passam desde o incidente no elevador orbital. Os líderes da A-LAWS recebem notícias sobre a Celestial Being.

Enquanto Saji Crossroad busca Louise Halevy em meios ao caos do combate, Soma Peries vai atrás de Andrei Smirnov. Setsuna confronta Hiling Care, e o poder do 00 Raiser se propaga por todo o campo de batalha.

Um Innovator é capturado pelo Ptolemaios, mas interrogá-lo é mais difícil do que a Celestial Being supunha. Mileina é vítima de um inimigo inesperado.

Coordenadas misteriosas chegam ao Ptolemaios. Setsuna e Ian têm razões distintas para ir até lá, mas a tripulação desconfia que algo está errado.

As tropas da A-LAWS e da Federação continuam determinadas a destruir a Celestial Being, e seus líderes preveem uma batalha decisiva. A bordo do Ptolemaios, Setsuna e seus companheiros se enchem de determinação para o combate.

Tieria entra na nave inimiga e fica chocado com o que descobre. O Ptolemaios tenta combater o ataque implacável do inimigo, mas os heróis vão caindo um a um.

Setsuna inicia o duelo final. As intenções de Lyle, as esperanças de Allelujah e os pensamentos de Tieria vagueiam pela escuridão do espaço. As partículas do 00 Raiser envolvem a área ao seu redor...