1999年暮れ——。過去に黒いレイバー「グリフォン」を繰り出し、第２小隊を翻弄した内海が海外から帰国。同じころ世界中のレイバー関係者が東京に集まっているとの情報が後藤にもたらされる。不穏な状況下、出動中の第２小隊の裏をかいて、佃島にグリフォンが上陸。内海が招待した業界の要人が密かに観戦するなか、第１小隊のレイバー「ゼロ」が立ち向かうが、自動制御機能の弱点をグリフォンに突かれ、大敗を喫してしまう……。

ある日突然野明を襲った災厄、それは歯痛……。いつもの元気が出ないどころか、遊馬にはさんざん馬鹿にされ、進士にもらった痛み止めの薬を飲みすぎて昼から熟睡、しかも眠ったところを後藤に落書きされるという体たらく。そんな最中、レイバーが盗難され山中へ逃走する事件が発生。振動が歯に響いてイングラムを歩かせることすらままならない野明は、最大のピンチを乗り越えられるのか!?

グリフォンによって活動停止に追い込まれた第１小隊。再戦の予感が高まるなか、刑事課の松井と共に事件の背後関係を探る後藤、かつての内海との思い出を振り切ろうとする熊耳、さらにシャフト本体との対立を深める内海など、両陣営がそれぞれのインターバルを過ごす。そしてついに大晦日の夜、葛西臨海公園にグリフォンが上陸。第２小隊は現場に急行する。イングラムVS.グリフォン、宿命の最終決戦の火蓋が切って落とされた！

最終回を迎えた長寿子供番組『お母さんとごいっしょ』。ところが生放送中にマスコットのクマ五郎が出演者を人質に取り、テレビ局に爆薬を仕掛けて３億円を要求。現場に駆けつけた第２小隊だが、狭い屋内ではイングラムが使えない上、事件中継で視聴率を稼ごうとするプロデューサーに解決を引き伸ばされてしまう。やむなく第２小隊メンバーが変装して現場に潜入。さらに機動隊まで突入しスタジオは大混乱！　なんと視聴率は90％に!?

上陸したグリフォンを舞浜大橋で挟撃する第２小隊。しかし太田の２号機が水中に引きずり込まれ行動不能に。そのまま水中に姿を消したグリフォンを水際で食い止めるべく、野明は防戦を試みるが、囮に惑わされグリフォンの再上陸を許してしまう。バッテリーも残り少なく、グリフォンのパワーに押され窮地に陥るイングラム。一方テレビクルーを連れ、潜伏する事件関係者を捜索していた熊耳は、付近のホテルで内海の姿を目撃する……。

バビロンプロジェクトの関連企業を狙った爆破事件が続発するなか、特車二課特製のドラム缶風呂もガス漏れにより爆発。仕方なく銭湯に赴く第２小隊の男性陣だったが、その途中で爆弾魔を追っていた公安刑事から「右のワキの下にホクロが三つ」との言葉を託され、銭湯に逃げ込んだ犯人を探すはめに。風呂場にはヤクザ、モヒカン、スナイパー風の男と見れば見るほど怪しい客ばかり。徒手空拳の第２小隊は三つのホクロを発見できるのか!?

グリフォンとの死闘は続いていた——。バッテリー切れの１号機に襲い掛かるグリフォン。その前に香貫花の３号機が立ちはだかる！　間一髪で仲間に助けられ、辛くも戦線に復帰した１号機だったが、その直後にグリフォンのスピーカーから響いたのは野明と旧知の少年・バドの声だった……。グリフォンの操縦者の正体に愕然とする野明。その激戦の裏側では熊耳が内海を追い詰めていた。グリフォン、バド、内海との対決はクライマックスへ！

過労続きの整備班。鬼の榊班長もさすがに仏心を出そうとしたところ、仮眠室でいかがわしい本やビデオを見つけ大激怒。すべて焚書処分となり、規律も厳格化されてしまう。その結果、不満が高まり地下活動や闇取引が横行。その上まとめ役のシゲが榊に感化され、秘密警察を率いて粛清に乗り出したため、整備班は内部テロを繰り返す仁義なき騒乱状態に突入してしまう。この物語は集団主義社会の悲劇を描く七日間の闘争の歴史である……。

初の慰安旅行で温泉旅館にやってきた第２小隊。羽を伸ばして浮かれるメンバーだったが、宴席での些細な言葉の行き違いから、熊耳と香貫花が険悪な雰囲気に……。当初はなんとか場を和ませようとする野明たちだったが、ついに関係修復をあきらめ、全員で酔っ払う作戦に出たことから、宴は次第に奇行と意味不明の言動が幅を利かせる混沌の場と化してゆく……。熊耳と香貫花、女のプライドを賭けた意地のぶつかり合いの結果やいかに!?

特車二課きっての暴力警官・太田がついに殺人!?　ある朝、悪夢から目覚めた太田の前に転がっていたのは、遊馬や進士たちの死体だった！　記憶を失い、逃亡者として街をさすらう太田。かつて面倒を見たチンピラ・冷やしタヌキの政にかくまわれ放浪を続けるが、通りがかった建設現場で起こった爆発事故に、思わずレイバーで飛び出してしまう！　太田が担ぎ込まれた病院で、ついに明かされる驚愕の真実。太田の失われし記憶は戻るのか？

雨の日に野明が特車二課前で見つけたダンボール箱。そのなかで弱っていた子猫を救おうと、野明は動物好きの山崎に相談して、ボート小屋でこっそり飼うことにする。子猫は順調に回復を見せるが、野明たちは出動中も子猫が気になり落ち着かない。子猫が元気になると今度は周囲に野良猫やノミが出たとの噂が立ち、特車二課総出で大掃除が行われることになってしまう。野明と子猫を突然の別れが襲うのは、その直後のことだった……。

雨に降られ、行き場を失う男と女——。軽井沢で行われた幹部研修を終え、東京への帰り道を車で急ぐ後藤と南雲だったが、折悪しく台風に見舞われ、道路が軒並み通行止めに。おまけに車の調子も思わしくないため、後藤は非常手段としてカップル用の某ホテルへの避難を提案する……。部屋でビール片手にくつろぐ後藤とは対照的に、数々の不慣れな設備を前に取り乱す南雲。夜も更けて、灯りも消えたホテルの部屋でふたりはどうする？

特車二課棟地下に広がる大迷宮——。かつてそこで第２小隊を恐怖させた白いワニが、保護先の水族館で巨大真珠を産み落とした。それを聞きつけ、地下にも真珠があると考えた整備員数名が、迷宮に足を踏み入れ行方不明に。救出に向かった第２小隊は、復活した迷宮の主・只山のトラップに苦しめられつつも、なんとか整備員たちを発見。しかし欲に負けた面々はさらに奥へと進んでしまう。一行がそこで見たものは純白に輝く宝の山だった!?

ある日遊馬に届いた同窓会通知。遊馬は会場で高校時代のマドンナ・加嶋由紀江と再会する。休日の街で当時の淡い思い出を振り返る遊馬と加嶋。やがてふたりは雪の並木道を写した一枚の写真に心を奪われる。そんなある日、遊馬は出動先で加嶋を目撃するが、仲間たちは誰も人影を見なかったという。いぶかしむ遊馬の前に再び現れた加嶋。彼女は遊馬に別れを告げにきたと語った。その翌日、遊馬に済んだはずの同窓会通知が届く——。

ある夜、不思議な光を目撃した野明が迷い込んだ場所、そこは地球防衛組織「CLAT」の秘密基地だった!?　CLAT隊員として何事もなかったように振る舞う仲間たちと、あまりの状況に戸惑う野明。そこへ宇宙からウツミー星人の円盤群と巨大怪獣グリフォンが襲来した。もはや地球を守れるのはCLATだけなのか!?　円谷プロダクション公式協力のもと、大きなお友達にお届けする一大特撮パロディ巨編。野明よ、いまこそイングラマンに変身せよ！

何事もなく迎えた年末の休日。思い出の品を探して特車二課にやってきた野明は、非番の仲間たちと出会う。その翌日、用事があると言い出した遊馬は野明を連れ出して群馬へ。遊馬はとある墓の前で、野明に過去を打ち明ける。同じころ、第３小隊の小隊長を打診された熊耳、奥多摩のレイバー教習所で訓練生に胸を貸す太田、慣れないパソコンと格闘する榊……。いつもと変わらないようで、特車二課の面々はそれぞれの変化を迎えてゆく。