미소녀 게임 회사에서 일하는, 미소녀를 정말 좋아하는 일러스트레이터 아키사토 코노하. 2023년 현재 메인 일러스트레이터로 활약하는 걸 꿈꾸고 있지만, 업계도 회사도 하락세인 탓에 아직 말단에 죽치고 있는 상태였다. 어느 날, 회사로 돌아가는 길에 우연히 본 게임숍에서 손에 넣은 게임을 열자 그녀는 눈부신 빛에 휩싸였는데.

게임을 완성했지만 2023년으로 돌아온 코노하는 다시 한번 밑바닥 일러레로서 지내게 되었다. 꿈인지 현실인지 알 수 없는 알코올 소프트에서의 충실했던 나날이 떠올라, 다시 그 장소로 돌아가고 싶다고 바라자 어찌 된 일인지 다시 타임 리프에 성공했다. 하지만 도착한 시기는 게임을 만들었던 1992년이 아닌 1996년이었는데.

코노하는 98 전용 게임밖에 만들지 않겠다며 고집을 부리는 마모루를 데리고 돌아오는 역할을 맡게 되었다. 그의 집 앞에서 노숙하면서 설득을 계속했지만, 깜박 잠이 든 사이 마모루를 놓치고 말았는데... 여름 코미케가 지나면 작업을 제때 마칠 수 없는 관계로 그 이상 마모루를 기다릴 수는 없는 상황. 대신할 프로그래머를 찾을까 망설이는 가운데, 여름 코미케가 시작되었는데.

다시 한번 2023년으로 돌아왔지만, 코노하는 타임 리프를 하는 법칙을 깨닫고 이번엔 1999년으로 향했다.그 무렵 알코올 소프트에서는 유명한 게임 크리에이터인 이치가야의 손을 빌려 자기네 게임을 컨슈머판 이식을 한다는 이야기가 화제가 되고 있었다. 하지만 마모루는 이 건에 대해 수상하다고 생각하고 있었는데.

알코올 소프트가 컨슈머 이식 작업으로 한창 바쁜 가운데, 마모루의 지시를 받아 코노하는 이치가야가 경영하는 코스프레 클럽 앞에서 잠복하고 있었다. 그러던 중 과거에 함께 게임을 샀던 토우야와 만나 한창 이야기를 하던 와중에, 점장님이 나타나 코노하 또한 가게에 들어가게 되었다. 그곳에서 코노하가 듣게 된 건 점장님의 수상한 이야기였는데.

이치가야에게 속아 10억 엔이라는 거액의 빚을 지게 된 알코올 소프트. 빚을 갚기 위해, 미소녀의 힘을 믿는 코노하는 마모루와 얘기해서 미래를 아는 자신의 힘을 사용해 최고의 게임을 만들기로 결심했다. 10억 엔을 번다는 목표 앞에서 망연자실해하고 있는 알코올 소프트의 멤버들을 상대로, 코노하는 필사적으로 자신의 계획을 어필했는데.

어쩌다 보니 마모루가 타임 슬립을 해 도달한 곳은 1985년, 에코 소프트라는 회사였다. 사장의 이름은 에코, 어시스턴트의 이름과 기르는 개의 이름도 에코. 보아하니 미소녀 게임을 만들고 있는 듯했다. 마모루도 게임 제작에 참여할 것을 귄유받자 그는 PC98을 사용하는 조건으로 이를 승낙했지만, 그들은 아무리 봐도 평범한 인간과는 무언가가 달랐는데.

회사의 명운이 걸렸고, 모든 사원들이 힘을 합쳐 만든 최신작이 무사히 완성된 것을 기념해 알코올 소프트 멤버들은 뒤풀이를 열었다. 어느덧 계절은 겨울이 되었고, 아키하바라에도 눈이 내리고 있었다. 마모루는 뒤풀이에 참여하지 않고 산책을 하면서 타임 슬립에 대해 생각하고 있었는데.

과거에 '라스트 왈츠'가 대히트를 하면서 코노하가 돌아온 2023년은 크게 변해있었다. 미소녀 업계는 다른 형태로 성장해 글로벌한 존재가 되었고, 마모루를 제외한 모두는 미국에서 게임을 만들고 있다고 한다. 자신이 좋아했던 아키바가 사라져 버린 것에 슬퍼하던 코노하에게, 마모루는 무언가를 제안했는데.

다시 한번 시대를 바꿀만한 게임을 만들어야 하는 상황에 처한 코노하. 최신 AI의 서포트를 받아 가며 홀로 작업에 임했지만, 좀처럼 진행이 되질 않아서 괴로워하고 있었다. 그런 가운데 휴대전화에 걸려 온 전화를 받자 매우 익숙한 목소리가 들려왔는데.

마모루가 코노하를 납치한 차량의 행선지를 조사한 결과 그녀가 아키하바라 스타디움으로 갔다는 걸 알아냈고, 곧 아키하바라 스타디움에 도착해 침입할 방법을 찾게 되었다. 한편 코노하가 왠지 모르게 무섭고 거대한 방에서 정체를 알 수 없는 로봇들에게 둘러싸여 떨고 있자, 그 자리에 토우야와 정체불명의 남자가 나타났는데.

몇 번이나 타임 리프를 반복해 알코올 소프트에서 미소녀 게임을 만든 코노하. 자신이 바꾸어버린 세계에서 위험에 처하면서도, 코노하는 자신이 가장 좋아하는 '아키바'를 위해 시대를 바꾸는 게임을 탄생시킬 수 있을 것인가.