全校生徒、わずか5名。砂漠に包まれたアビドス高等学校は、廃校の危機に瀕していた。その状況に抗うべく、5人は日々「対策委員会」として忙しい日々を送っている。そんなある日、生徒であるシロコが出会ったのは一人の大人。彼は連邦生徒会から派遣された“先生”だった。

先生と出会い、廃校阻止の希望を見出し始める対策委員会一同。迫り来るヘルメット団をも退治し、その思いは徐々に膨らんでいた。しかしその中の一人、セリカだけは先生を認めることが出来ない様子。そんな彼女の身に危険が迫り……！？

目の前の問題を解決するも、あまりに巨大な借金の額にため息をつく対策委員会と先生。解決策も思い浮かばずラーメン屋へと入った一同は、アウトロー集団「便利屋68」を名乗る少女たちと意気投合する。しかしその翌日、その「便利屋68」がアビドス高等学校を襲撃し始め……！？

以前アビドスを襲ってきたヘルメット団の手がかりを追い、無法地帯で有名な「ブラックマーケット」へと向かうアビドス対策委員会。偶然出会ったトリニティ総合学園の少女「ヒフミ」と共に調査を進める内に、返済したお金が闇銀行に流れているという可能性が浮上する。そこでシロコが突如「銀行を襲う」と言い始め……！？

アビドス襲撃が失敗し、次の計画を進める便利屋68。社長であるリーダーのアルは、描いていた理想とかけ離れた現実にもがいていた。一方、ブラックマーケットを離脱したシロコ達は、偶然手に入れてしまった大金を手放すことを決意。そんな中、セリカのバイト先である「柴関ラーメン」で、とんでもないことが起きてしまう。

シロコ達の前に現れたのは、ゲヘナ学園の風紀委員会。その目的は、同じ学校の問題児である便利屋68だった。身柄を引き渡すよう要求されるも、対策委員会はそれを拒否。柴関ラーメンを爆破した便利屋68を、おいそれとは渡せなかった。有無を言わせぬ雰囲気の風紀委員会を前に、対策委員会と便利屋68が取った行動は――

風紀委員会との戦闘を終え、便利屋68とも別れを告げた後、ようやくアビドスには日常が戻ってきた。そんな中、爆破の怪我を負った柴関ラーメンの店主を訪れた対策委員会の少女たちに、衝撃の事実が伝えらえる。一方、普段と違った様子で思い耽るホシノ。彼女の胸に去来するものは――

ホシノの提案で、水族館へと遊びに行くことにした対策委員会一同と先生。彼女たちはまるでそれまでの戦いの日々が嘘だったかのような、穏やかな時間を過ごす。皆と同様にホシノも楽しんでいるようだったが、シロコは微かな違和感を覚えていた。意を決した彼女は、とある行動に出て……

アビドスの土地がアビドス高等学校のものではない、という事実を知らされる対策委員会。現在の所有者となっているカイザーグループが何を企んでいるのか。その手がかりを掴むため、シロコ達はアビドス砂漠へと向かう。そこで彼女たちを待ち受けていたものは――

ホシノが残した手紙には、彼女の過去と想いとが綴られていた。思わず駆けだすシロコだったがその瞬間、カイザーコーポレーションがアビドス高校を襲撃する。突然の攻撃で窮地に陥る対策委員会、その前に現れたのは「彼女たち」だった。

戦闘を終え、黒服の元へと単身向かった先生。ホシノを救うべく訪れた彼に対し、黒服は協力しないかと手を差し伸べる。先生の回答と、対策委員会の答え。その二つが揃う時、最後の戦いが迫ろうとしていた。

満を持して砂漠へと辿り着いたアビドス対策委員会と先生。一方、捕らわれの身であるホシノの脳裏には、とある想いが去来していた。彼女たちの学校と未来を賭けて、最後の戦いが決着を迎える。