汎銀河大戦停戦後、地球軍の駐屯する火星にて。軍の基地で働く若者グラムは他の火星の人々同様に、明日の見えないその日暮らしの毎日を過ごしていた。そんな彼の日常を打ち破るかのようにアデナの軍倉庫を狙って、海賊“夜明けの船”がやってくる。それを迎え撃つ地球軍のＲＢ（ラウンドバックラー）部隊。その中には、数年ぶりに火星に戻ってきたベスの姿があった。夜明けの船と地球軍の戦いにまきこまれてしまい、ピンチになるグラム。そのとき彼の前に一体のＲＢが現れた…。

海賊の一人ヤガミに誘われ、夜明けの船で働くことになったグラム。しかし戦いに不慣れな彼が犯したミスにより、夜明けの船が衛星軌道上の地球軍にみつかってしまう。地球軍ＲＢ部隊の攻撃をうけ、反撃する夜明けの船。だが、夜明けの船の放った魚雷が、地球軍の妨害をうけて、民間人の居住区に向かってしまう！

上官のドリトル大尉の薦めで、休日をとって数年ぶりに故郷のアデナの街を歩くベス。昔なじみのアーニャに出会い、彼女の店を手伝う事になる。その頃、グラムも近所の子供たちにしばしの別れを告げるため、同じくアデナの街中にいた。かつてと立場の違うグラムとベスは久しぶりの再会を果たす…。

火星政府代表のアンナのもとに最悪な知らせが入る。お忍びで火星に来ていた地球大統領の孫娘、エノラが誘拐されてしまったのだ。その誘拐犯人が夜明けの船らしいと思い込んだアンナは事態の収拾を図ろうと、自ら地球軍の旗艦に乗り込む。かくして夜明けの船と地球軍による氷の海の中での大戦闘が開始される…。

夜明けの船に傷をつけ逃走していった船を追いかけ、かつて大学だった廃都市船にやってきた夜明けの船。当て逃げ犯に復讐しようとやっきになっているエリザベスに命じられ、海賊たちは大学の中へと乗り込んでいく。突如やってきた荒っぽい海賊に脅える当て逃げ犯。彼らは大学の中を逃げ回っていたが、大学に隠されていた秘密兵器を発見し、反撃に出る！

補給のため海賊の街リバタリアにやってきた夜明けの船。そこでグラムたちは海賊同士の喧嘩にまきこまれてしまう。だが突如現れた謎の海賊が、彼らのピンチを救ってくれた。その男、キュベルネスに夜明けの船の場所を聞かれたグラムは、ごまかしてその場から逃げだす。しかし、キュベルネスは無理矢理、夜明けの船に乗り込んできた。彼はエノラをとりもどすために雇われた傭兵海賊だった！

豪華客船オリンポス号で大企業主催のパーティーが開催され、火星主席、軍、夜明けの船の面々らが一堂に会することに。ヤガミの紹介で、夜明けの船のスポンサーであるナイアル・ポーに引き合わされるグラム。ポーはグラムをスカウトしようとする。彼は、グラムが身につけているペンダントに目をとめていたのだ。だが、そこにキュベルネスが現れた。彼はエノラ、そしてグラムの両方を狙っていた！

軍の監視衛星の隙をつき、夜明けの船が浮上する。久しぶりに日の光を浴びたクルーたちは、戦闘を忘れ、ゆっくり露天風呂につかって日々の疲れを洗い流す。だがそこに、突如謎の巨大生物が現れる。夜明けの船にとりつき、船のエネルギーを吸いはじめる巨大生物。エステルたちは急遽、水着姿の まま巨大生物の迎撃を開始する。しかしそのとき、船内に残っていた東原は不思議な声を聞いていた…。

ポーの指令で『導きの箱』を受け取りに、火星先住移民の村にやってくるエリザベス。だが、箱の在り処を知っているガーマは留守だった。そしてそこに、箱を求め、ドウズという男の手下達がやってくる。その頃、グラムは街中で奇妙な老婆に出会っていた。老婆のペースにのせられ、博物館の中の展示品を盗む片棒を担がされてしまうグラム。だが老婆は、それらの品はもともと自分のもので、ドウズという男に騙し取られたのだという…。

久しぶりに養父からのメールを受け、喜ぶベス。彼女は功を焦るあまり待機命令を無視し、夜明けの船の反応があった都市船リガオカへと向かう。だが、港はすでにもぬけの空だった。臭紋を手がかりになんとか夜明けの船をみつけようとしたベスは、リガオカの下に隠された大昔の地下坑道を発見する…。

退屈しのぎに怪談大会をひらくグラムたち。ミルヒは、海の神の怒りにふれ沈められた幽霊船の話をする。ちょうど今、自分たちがいる海域こそ、その船が沈んだ場所だという。その時、突如ブリッジで謎の船影がキャッチされる。だがその反応はほどなくして消失してしまう。その直後から次々と起こり始める超常現象に翻弄される夜明けの船のクルー。だが一人冷静なクララは事態の真相を解明しようとする。

航行中にＳＯＳ信号を受信する夜明けの船。アキたちは岩にはさまれた小型潜水艇を発見する。船の中にはウェディングドレスを着た女性が眠っていた。その女性、セレナに一目ぼれしてしまうアキ。セレナは帰ってこない婚約者を追って航海に乗り出し、事故に遭ってしまったのだという。そんなセレナにアキは積極的なアプローチをかける…。

夜明けの船の逃亡を手助けした疑いで、地球軍旗艦の営倉に収監されていたベス。彼女のグラムに対する怒りは日増しにつのっていた。そして遂にチャンスがやってくる。地球軍艦隊が夜明けの船の機雷にひっかかったのだ。その混乱のすきをつき、ベスはシーホースを奪って旗艦から脱走する。ＲＢでグラムと対決するベス。だが、『導きの箱』を奪うためやってきたキュベルネスがその戦いに割り込んできた！

大破したシーホースごとキュベルネスの船にひろわれたベス。キュベスネスは行き場のなくなったベスをしばらく船においてやることにする。グラムに勝ちたければ海賊の戦い方を学べというキュベルネス。一度は従うそぶりを見せるものの、ベスはキュベルネスの隙をついて彼の船を乗っ取る。だがそのとき、キュベルネスに恨みをもった海賊たちが不意打ちで爆雷を投下してきた！

希望号の修理は完了した。だが、希望号は何故か動かない。心の沈んでいる自分にその原因があることを感じ取ったグラムは、一層落ち込んでしまう…。一方、夜明けの船は、導きの箱が映し出した映像を解析するため、『叡智の城』にやってきていた。警戒の厳重な正面を迂回し、なんとか中に忍び込むエステルたち。だがそのとき、夜明けの船を追っていたロゼッタたちがベスの弔い合戦を仕掛けてくる！

導きの箱の扱いをめぐり対立するヤガミとエリザベス。どうしても譲ることのできないヤガミはなんと反乱を起こす！ブリッジが占拠され、監禁されてしまう乗組員たち。そんな中、『叡智の城』で手に入れた古地図を解析していたエノラとエステルはなんとか逃げのびることに成功する。そして二人は、グランパ達ＢＡＬＬＳと協力し、叛乱部隊に対する反撃を開始した！

整備のためドック都市船に寄港する夜明けの船。その都市船の支配人であるドクターという男は、エリザベスの古い海賊仲間だという。再会を懐かしむエリザベスとドクター。だが突然、海賊船にカモフラージュした地球軍の船が港にやってくる。その擬装を行ったのはドクターだった。船から出てきた兵士達によってまたたく間に包囲される夜明けの船。おまけにドックから水を抜かれ、夜明けの船は動けなくなってしまう…。

遂に宝を目前にした夜明けの船。だが、その航路に巨大な氷山が聳え立つ。越えるためにはバーナビ渓谷を抜けるしかないが、渓谷は地球軍の要衝、『閉ざしの門』によって護られている。危険を避け、迂回することを進言するエステルだが、断固として遠回りする気はないというエリザベス。グランパは、氷上を進み『閉ざしの門』を攻撃する作戦を立案する。だがＲＢはスピードが著しく制限されるため、陸の上では格好の的になってしまうのだ…。

ベスからの決闘の申し込みを受け『流氷墓場』にやってくるグラム。スクワートに乗って待ち構えていたベスは、諭そうとするグラムの言葉にまったく耳をかすことなく、攻撃してくる。挙句の果てに自らの攻撃で崩れた岩に潰されそうになり、助けようとした希望号ともども漂流船に突入するスクワート。ベスはＲＢから出て、漂流船の船内に降り立つ。彼女は、床に刺さっていた剣を手にし、今度は生身で決着をつけようとグラムに挑みかかってきた。

宝を目前にした夜明けの船の前に、地球軍の総本山『本部都市船』の大部隊が展開する。総力戦に備え戦力を補強するため、組み上げられる新しいＲＢ。エリザベスは『慈愛号』と名付けたそのＲＢをショウに与える。大喜びのショウはグランパによる慈愛号の操縦訓練を受けるが初めてのＲＢに苦戦し、なかなか思うように動かすことができない。そんなショウの姿をそっと見守るヤガミ。そして遂に、ショウの出撃のときがやってきた…。

ついに宝の眠るオリンポス山の麓までやってきた夜明けの船。エリザベスは、宝を横取りしようとついてきているキュベルネスに対し、軍をけしかける作戦を実行する。その隙に希望号でオリンポス山の中へと入っていくグラム。だが、いきなり後方からやってきた何者かに希望号がつかみあげられ、グラムはコクピットから投げ出されてしまう…。

オリンポス山の中へ突入する夜明けの船。エリザベスに発破を掛けられた海賊たちは、張り切って宝を探しにいく。険しい道筋の果てに、光をみつける一行。そこになんと、導きの箱の示した岩、そして神の石があった。石の前で待っていたグラムの無事を喜ぶエノラ。だがそのとき、エリザベスたちの背後からナイアル・ポーが現れた…。

オリンポス山から出たところで地球軍に包囲される夜明けの船。地球軍は突撃艇による強制突入で直接夜明けの船の中へ乗り込んでくる。せめて一矢報いるべく、抗戦を試みるものの、地球軍の突入部隊によって次々と武装解除されていく海賊たち。そして突入部隊はついにエリザベスたちのいるブリッジに到達する…。

公開処刑までの時間を監獄の中で過ごす夜明けの船の面々。グラムはそんな彼らをなんとか救出する手だてを考えながら地球軍の本部都市船で身を潜めていた。そんなグラムの目に、ＴＶに映ったエノラの姿が飛び込んでくる。緊急に開かれた記者会見の場で、グラムにあてたベスからのメッセージを告げる地球大統領の孫娘エノラ。そのメッセージの隠された意味を理解したグラムは……。

地球軍によって夜明けの船に取り付けられた爆弾が爆発する。大きな水柱が消えたとき、夜明けの船、そして、直前まで爆弾を取り外そうとしていた希望号の姿は跡形もなかった。一歩一歩処刑台の上を進んでいく囚われの身のエリザベス。そしてその姿を沈痛な面持ちで見守る夜明けの船の海賊たち。その頃アデナでは、そのＴＶ中継された公開処刑をボンとシエの幼いまなこが懸命に見つめていた……。