来自帕底亚地区的少女莉可，入读了关都地区的全寄宿学校·石英学园。 莉可拿到第一只宝可梦新叶喵之后非常高兴，然而新叶喵却完全不听她的话…。 莉可为了能够加深与新叶喵的羁绊而努力奋斗著。另一边，为了莉可所佩戴的“不可思议的吊坠”而寻找她的一群可疑人物也出现了―！？

为了获得“不可思议的坠饰”，莉可遭到了神秘组织探索队的追捕。弗里德和喷火龙一起从天而降并救了莉可，但莉可不敢相信。等待他们的是弗里德的伙伴“飞升伏特攻击队”和他们乘坐的飞船“勇猛浅葱号”！！

为了学习太晶化，莉可、罗伊和小点决定在橘子学院接受“太晶化研修”！学校里有校长克拉韦尔、理事长也慈，以及帕底亚四天王辛俐、波琵、青木和八朔……以初次使用太晶化为目标的三人，在以帕底亚地区为舞台的冒险即将拉开序幕！

为了对莉可的太晶化研修进行评估测试，莉可、罗伊和小点三人前往圆模镇拜访道馆馆主阿枫！他们顺利地抵达阿枫的商店派舒蕾・慕滋。但随着后来探梦队的珊瑚的闯入，情况不知为何演变成一场甜品制作对决……？！莉可和蒂蕾喵的太晶化研修将如何进行呢？

罗伊的太晶化研修基础评估测试的对手是寇沙！虽然罗伊渴望尽快进行，但因为深钵镇正在举办艺术节，寇沙忙着筹备工作，所以他的对战推迟了。罗伊接受了碰巧路过的妮莫的邀请，和她进行对战。看了两人对战之后的寇沙似乎对罗伊的对战方式有了一些想法……？

在莉可、罗伊之后，最后一个接受基础评估测试的小点从对此负责的道馆馆主奇树那里得知，基础评估测试对战将在“奇树奇述直播”节目中现场直播。小点在拍摄彩排期间和罗伊对战时，却因为在镜头前太过紧张而无法和润水鸭很好地配合……？！

小点和润水鸭终于要和奇树一起进行基础评估测试了！事先研究了奇树的对战，制定了作战计划，确定了完善的对策……然而，面对对自身属性不利的电肚蛙，还是陷入了苦战，甚至发生了预料之外的突发情况……？小点能顺利地通过考核吗？！

莉可、罗伊和小点正在观察和收集野生宝可梦的信息，以便寻找调查报告的题材。小点告诉莉可有一种叫“花柱”的神秘现象，据说这“花柱”会为看到它的人带来快乐。于是莉可决定和蒂蕾喵一起寻找这根“花柱”，写一篇关于它的报告。但是不知道为什么，蒂蕾喵看上去心情很不好……？！

为了完成报告，莉可、罗伊和小点继续观察着野生宝可梦。此时电海燕正对它无法在强风中正常飞行感到沮丧，以至于又和呆火鳄发生了冲突。夜里，电海燕偷偷溜出帐篷自己练习飞行。罗伊和呆火鳄发现电海燕不见了之后，便前去寻找它。此时，一个影子正在朝着他们逼近……？

为了寻找罗伊从某个神秘之人口中听说的“非凡之物”，莉可他们来到了森林里。在小心翼翼地前进时，他们遇到了和莉可、罗伊、小点长得非常相像的三人组？！看起来那些训练家也是遇到了“非凡之物”了……所谓的“非凡之物”究竟会是什么？！

莉可、罗伊和点点回到了橘子学院。等待已经通过了基础评估测试的他们的，是一次和帕底亚四天王的交流战。他们将和测试中负责考验他们的馆主组队与四天王对战！罗伊和寇沙对战八朔，点点和奇树对战波琵！惊心动魄的对战将如何发展？！

莉可他们和弗里德一起去拜访克拉韦尔和也慈，向他们请教关于太乐巴戈斯的事情。但是，也慈他们似乎也对“远古冒险者”和“乐亚”一无所知。“那个人也许知道”，被如此介绍的，正是橘子学院的历史老师蕾荷。