湖に囲まれたラーゼンボーデン村で、“なんてことない農家の娘”として、“なんてことない”日々を送っていたライザリン・シュタウト（ライザ）。そんな代わり映えのしない毎日に飽き、刺激を求めていたライザは、ある日幼馴染みのレントとタオを誘い、島を抜け出すことを提案。対岸に向かうための船を拝借しようと港を訪れるも都合よく借りられる船はなく……。そんなライザたちと時同じくして、対岸ではとある隊商がクーケン島に向かっていた。

アンペルとリラに認められ、ついにライザ達の修業がスタート。順調に課題を進めるレントとタオだったが、その一方でライザは課題に出されたレシピの調合に頭を悩ませていた。どうしても調合に必要な素材の“安らぎの花”が見つからない……。課題の成果を話しにやってきたレントとタオに、ライザは課題がうまくいかない愚痴をこぼす。だが、そんな彼女の悩みを解決したのは、友達になったクラウディアがもたらした、とある情報だった。

本格的に錬金術士としての一歩を踏み出したライザ。ある日、クラウディアの家に寄った帰り道、村人のバーバラが足を痛めて座り込んでいたのを見かける。ライザが調合した“施しの軟膏”で手当てすると、バーバラはその香りをなつかしそうに楽しみ、昔の思い出を語り始めた。結婚のお祝いでもらった手紙に添えられていた小さな花の香りが素敵だったことと、差出人が不明でお礼が出せていないことが心残りであると。そこでライザはバーバラのために、一肌脱ごうと仲間達に相談を持ち掛ける。

今の実力を確かめるため、水没坑道の探索という試験を課されたライザ達。クラウディアと合流した3人が探索について語り合っていると、そこへ幼馴染みのボオス達が姿を見せる。ライザ達を快く思わない彼らはその活動をバカにするのだが、ライザは「構ってやる暇はない」と軽くあしらうのだった。ボオスや村人を見返すため試験に絶対に合格するとより気合を入れて臨んだ3人は、クラウディアに見送られて水没坑道を目指して出発する。

水没坑道の試験後、自分達に足りないものを知り、一層力を入れて鍛錬に励むライザ達。そんな友達の過度な張り切りぶりを心配したクラウディアは、アンペル達に「なんとかしたい」と相談する。すると、リラは魔物がいない隠し広場の水辺での修業を兼ねた息抜きを提案する。だが、いざ水辺に着くと、過去のトラウマのためライザは泳ぎが苦手なことが判明する。そこでライザ達は泳ぎの練習を兼ねた、リラの特訓を受けることに。

隠し広場での特訓を終え、“秘密の隠れ家”作りを仲間達に提案したライザ。そんなやる気に満ちた彼女を見たアンペルは、家造りに必要なレシピ発想のアドバイスを送る。その言葉に後押しされたライザは、レント、タオ、クラウディアと協力しながら“秘密の隠れ家”作りをスタート。探していた廃材を村人のバジーリアからうまく譲り受けることができるが、その代わりにクラウディアの知るプディングというお菓子を振舞うことになる。隠れ家作りにお菓子作りと目まぐるしい日々が始まる。

危険な魔物の出現によって、しばらくアトリエでの活動を制限されたライザ達。アトリエに行けない間にも自分たちの目標に向けて進み続けるライザ達を見て、クラウディアは「自分もライザ達の冒険に同行できる本当の友達になりたい」と決意。リラからアドバイスを受けて密かに特訓を始めた。そんな中、彼女は村に滞在する行商人のロミィから、パーティドレスを試着してほしいと頼まれる。突然のことに戸惑うクラウディアだが、ライザとリラも一緒に試着することを条件に、その申し出を受けることにした。

クラウディアと冒険に出ることを認めてもらうため、彼女の父・ルベルトの課題に挑むことになったライザ。途中、ボオスから投げかけられた暴言に憤るも、気合を入れ直した彼女のもとに次の課題が伝えられる。それは旧市街の一角に置かれた廃棄物を一週間以内に撤去することだった。廃棄物の量と重さに期限内に運び出すことは不可能だというレントとタオに対して錬金術を使った妙案があると自信満々なライザ。彼女が話した妙案とは…。

ふたつ目の課題をクリアしたライザ達にルベルトから最後の課題が提示される。課題は街道を北の分かれ道まで進み、競争相手よりも早く帰ってくるという内容で、その競争相手となったのはボオスだった。出発早々、脱輪していた荷馬車を救うアクシデントがありながらも、順調に折り返し地点にたどり着いた一行。あとは先行するボオスを追い抜くだけと思われたが、旧街道遺跡付近で突如爆発音が鳴り響く。急ぎ駆け付けたライザ達が見たのは……。

竜の出現に動揺するラーゼンボーデン村。村の権力者でボオスの父であるモリッツは、古老の制止を振り払って竜の討伐隊の派遣を決定する。そしてボオスも討伐隊への参加を宣言した。今でこそいがみ合う仲だが、幼馴染みの一人であるボオスを心配するライザ達は、自分達も討伐隊に加勢するべきかどうか頭を悩ませる。アンペル、リラは“ヤツら”と呼ぶ魔物の追跡に出たため不在で、相談することもできない。時だけが過ぎ、ライザ達の結論が出せぬうちに討伐隊は出発してしまう。

討伐隊を追うことを決めたライザはアトリエで準備を整え、レント、タオ、クラウディアと共に討伐隊が向かった流星の古城を目指す。小妖精の森を突っ切る近道で古城に到着した一行は、城内でクリント王国時代に建てられた石碑を見つける。その碑文には竜が古城に召喚された理由と、“フィルフサ”と呼ばれる存在が示されていた。さらにその碑文から竜退治の糸口が見つけられないかと探っていたところ、すぐ近くで轟音が鳴り響く。

目的を果たしたアンペルとリラが村に帰還し、ライザ達は二人に竜の討伐と古城の石碑に書かれていた内容を報告する。ライザ達の目覚ましい成長を評価したアンペルたちは後日、自分達の本当の目的を説明すると話した。その後、一足先にアトリエに向かうふたりを見送ったライザ達は、ひょんなことから古代文字で“宝あり”と刻まれた石盤の欠片を入手。面白半分で残りの石盤探しを進めていると、これが本当に“宝の地図”であることが発覚する。