1897년. 귀신, 괴물, 요괴 등 인간이 아닌 존재들이 아직 살아있던 시대. 괴물끼리 싸우는 모습을 관람하며 즐기는 어느 극장에서 신우치 츠가루는 ‘귀신 살해자’로 활약하고 있었다. 어느 날, 츠가루에게 목만 남아있는 불사신 린도 아야가 찾아와 거래를 제안한다.

유럽으로 건너간 아야와 츠가루, 시즈쿠 일행은 ‘새장술사’라는 이름의 괴물 전문 탐정으로 유명해진다. 어느 날, 프랑스 동부에서 인류 친화파 흡혈귀가 살해당하는 사건이 일어난다. 피해자의 남편 고다르 경은 범인을 알아내기 위해 아야 일행에게 의뢰를 맡긴다.

고다르 가에서 일어난 흡혈귀 살해 사건의 수사를 이어가는 아야 일행. 내부인의 범행이라고 판단한 아야는 사건 당시 각각의 행동을 차례로 묻는다. 그 후 고다르 경과 함께 서쪽 숲으로 무언가를 찾으러 나간다.

한나 고다르를 죽인 범인을 알아낸 아야는 고다르 가족과 사용인을 모두 불러 모은다. 그리고 차근차근 설명하며 사건의 수수께끼를 풀어나간다. 곧이어 끔찍한 흡혈귀 살인 사건의 범인이 밝혀진다.

1899년 런던, 필리어스 포그 저택에 괴도 신사 아르센 뤼팽의 예고장이 도착한다. 귀중한 블랙 다이아몬드 ‘끝에서 두 번째 밤’을 가져가겠다고 예고하는 뤼팽. 포그는 세계의 유명한 탐정 셜록 홈즈와 새장술사에게 뤼팽의 범행을 막아달라고 의뢰한다.

뤼팽은 필리어스 포그에게 의뢰받은 탐정 셜록 홈즈와 접촉을 시도한다. 그리고 얼마 후, 뜻밖에 새장술사 일행과도 만나게 된다. 밤이 되어 점점 예고한 시간이 다가오자, 포그 저택에 모인 인원들은 각자 위치에서 뤼팽이 나타나기를 기다린다.

‘끝에서 두 번째 밤’이 있는 여죄의 방에 물이 쏟아져 들어오며 위기에 빠진 포그 일행. 잠시 후 그들은 어느새 금고가 사라진 것을 발견한다. 하지만 따로 행동하던 새장술사 일행은 뤼팽의 범행을 막을 다른 계획을 실행한다.

‘끝에서 두 번째 밤’을 노리는 자는 뤼팽뿐만이 아니었다. 폭발과 함께 나타난 5인조 범죄 조직 ‘뱅큇’. 그중에는 아야의 몸을 빼앗아 갔던 모리어티 교수도 있었다. 이윽고 이들의 치열한 다이아몬드 쟁탈전이 시작된다.

독일 산속에 있는 마을 호일렌도르프를 찾아가는 새장술사 일행. 호일렌도르프 마을에 도착하지만, 그곳에서는 어젯밤 루이제라는 소녀가 납치당하는 사건이 있었다. 이 마을에서는 1년쯤 전부터 소녀가 늑대인간에게 살해당하는 사건이 계속됐다고 하는데…

늑대인간 마을을 찾을 단서 ‘끝에서 두 번째 밤’의 사용법을 알아내기 위해, 호일렌도르프 마을의 소녀 연쇄 살인 사건을 조사하는 새장술사 일행. 한편, 로이스의 에이전트들도 늑대인간 소문을 듣고 마을에 찾아온다. 그리고 깊은 밤, 늑대인간이 다시 모습을 드러낸다.

늑대인간과 싸우다가 폭포 밑으로 떨어진 시즈쿠. 늑대인간 소녀 노라와 베라, 카야는 시즈쿠를 구해주고 돌봐준다. 한편, 아야와 츠가루는 로이스 멤버들과 함께 늑대인간 마을로 향하지만 뱅큇도 그들의 움직임을 감시하고 있었다.

노라가 살해당하고, 시즈쿠는 범인으로 몰린다. 한편, 아야와 츠가루는 뱅큇의 빅터와 만나 어떤 거래를 한다. 그 후 늑대인간 마을 볼핀횔레에 도착한 둘은 시즈쿠와 재회하여 사건 해결에 나선다.

늑대인간 마을 볼핀횔레에 호일렌도르프 사람들이 공격해온다. 게다가 뱅큇과 로이스가 격돌하고, 시즈쿠도 카르밀라와 대치한다. 한편, 아야는 볼핀횔레와 호일렌도르프 사람들을 모아 두 사건에 대한 설명을 시작한다.