2128年、火星。キャナルシティでステージに立つ歌手『サラ・フィッツジェラルド』は『ルジュ・レッドスター』という不思議な少女と出会い付き人にする。同じ頃、人造人間〈ネアン〉の生命維持に必要な薬品〈ネクタル〉の密売人たちが何者かに襲撃されるという事件が起こる。その密売にはサラの愛人、ネクタルの製造元であるパナケア・コーポレーション・火星支社の重役『ヘルマン・ヘイワード』も関わっていた。ステージを終え、ヘルマンと共に過ごしていたサラの元にも現れる襲撃者。難を逃れた彼女に接近する謎の男。そして、ルジュの前には『ナオミ・オルトマン』と名乗る女性が現れ、サラに関するある情報を渡すのであった。サラに秘められた過去、そしてルジュの真の目的とは……？

次なる＜インモータルナイン＞の手掛かりを求め、火星の荒野を行くバスに乗るルジュとナオミ。バスにはネアン差別について調べているジャーナリストの女性『ジル・スタージョン』の他、様々な事情を抱えた乗客たちもいた。そのバスを突然襲う、武装集団。ヘルマンがサラの仇であるルジュを捕まえるため傭兵を雇ったのだ。乗客と共に追跡劇を繰り広げるルジュとナオミ。バスが故障し、逃げ込んだ森の中でルジュは一人の男性と出会う。かつて火星で行われた地球人と異星人〈来訪者〉の連合軍と敵性異星人〈簒奪者〉の戦争、その戦場遺跡の調査をしていると言う男性。彼とルジュの目の前で、残されていた簒奪者の戦闘兵器が目覚めてしまう。

火星のウェルズタウンに辿り着いたルジュとナオミ。この町にあるネアン居留地にインモータルナインの一人“幻影のヴェルデ”がいるらしい。しかし、居留地には関係者以外は入れない。二人はレストランで作戦を話し合うが、ふとしたことから口論となり、ルジュが店を飛び出してしまう。一人町をさまよう彼女は同じバスに乗っていた医師の『アフダル・バシャール』と、その助手であるネアンの少年『リオン』と出会う。居留地内で働いている二人の協力で潜入に成功するルジュ。彼女はそこで人類に差別され、虐げられているネアンたちの現実を知る。そんなルジュの前に現れる〈CFN（ネアン自由評議会）〉と名乗る者たち。そのリーダーである『ユバル』はルジュに対し、ネアンの希望になって欲しいと言う。

華やかなショーを始める移動カーニバル。一方、ルジュはユバル殺害の疑いをかけられCFNに拘束されていた。メッセージバードを通じ、脱出を勧めるナオミ。だが、裏に幻影のヴェルデの関与があるとにらんだルジュは、あえてとどまることを選ぶ。CFNの幹部『デュマ』によって執り行われるルジュへの尋問。同じ頃、警察はユバル殺害の情報を得て、ネアン居留地へ治安部隊を出動させる。混乱に乗じルジュの救出に向かおうとしたナオミは、同じく居留地内に入ろうとしていた守護局捜査官『アッシュ・スタール』とその相棒であるネアン『ノイド２６２』と合流する。治安部隊によって始められるネアンへの弾圧。騒ぎを見つめるアフダルの目に映るものとは……。

ネアン居留地でリオンの死体を見つけるナオミ。しかし、そこにルジュの姿はない。そんなナオミの前に現れる一人の人物。それは以前、簒奪者の遺跡を探っていた謎の男性であった。彼はルジュの居場所を知っており、そこへナオミを案内すると言う。一方、捕らわれのルジュは夢とも記憶ともつかない幻の中をさまよっていた。生まれたばかりの自分。優しく温かかった兄『ジーン・ユングハルト』、父『ロイ・ユングハルト』との日々。そして見知らぬ女性と仮面の男。同じ頃、男と共にある場所にやって来たナオミ。そこは移動カーニバル。ルジュはこの中にいると言う男、『エデン・ヴァロック』と名乗る彼と共に、ナオミは移動カーニバルへと潜入して行く。

火星での任務を終え、連絡船で地球へと帰還するルジュとナオミ。二人は隣の客室の乗客、『アエス・マキアス』『アリス・マキアス』という双子の姉弟と知り合う。『人形遣い師』のもとで見た幻が気になっているルジュ。彼は自分に何をしていたのか？　同じ船には帰還命令を受けたアッシュとノイドも乗っていた。突如、彼らの前で発生する殺人事件。監視カメラの映像から犯人はすぐに捕まるが、同時刻、別の場所を映すカメラにも、その姿は映っていた。混乱するアッシュたちを尻目に起こる第二、第三の殺人事件。アッシュは容疑者としてナオミを拘束。監視カメラに殺人を犯す彼女の姿が映っていたのだ。無実を証明し、真犯人を捕まえるため、ルジュとナオミは動き出す。

自宅謹慎を続けるジーン。ルジュは法律で製造を禁止された〈プロトネアン〉で、ジーンが私的にプロトネアンを使っていたことがばれ、真理部次長の任を解かれたのだ。そんな彼を訪ねて来るナオミ。その正体は守護局神祇官であった。火星で遭遇した移動カーニバルと人形遣い師と名乗る男について情報を交換する二人。その背後に簒奪者がいるに違いないとにらむ。一方、真理部本部に監禁されているルジュ。真理部と守護局の間で、その処分について検討が行われる。すぐにでも解体すべきだと言う守護局。自分たちの管理下にあると主張する真理部。その話し合いの場に現れるナオミ。同じ頃、捕らわれのルジュに謎の影が近付いていた。

インモータルナインの一人“双頭のアルコス”であったアエス、アリス姉弟と別れたルジュ。“閃光のシルヴィア”が言っていた「あなたは、あなたのことを何も知らない」という言葉の意味を探るためアッシュ、ノイドと共に、かつて過ごした父・ロイ・ユングハルト博士の館へと向かい、ジーンとの再会を果たす。何者かに導かれるように館の地下へと降りて行くルジュたち。すると、そこにはユングの記憶を外部メモリーに移し保管した〈記憶図書館〉があった。ユングの記憶を辿り、自らに秘められた謎を探るルジュ。〈コード・イヴ〉とは何か？　ユングの真の狙いとは？　そんなルジュたちの前に現れる一人の少女。自分をルジュの妹『シアン』だと名乗るが……。

インモータルナインの一人“不動のグラウフォン”とアルコス、シルヴィアとの戦いに苦戦するルジュ。そんな中、彼女を救いに現れたエデン。その正体はインモータルナインの一人“漆黒のノアール”であった。自分たちと行動を共にすることを拒むノアールに対し、怒り、攻撃をしかけてくるシルヴィア。ルジュの元に向かおうとするジーン。だが、彼の前に立ちはだかるグラウフォン。そこに簒奪者の宇宙船、そしてシアンも現れ、事態は混乱を極めていく。互いにグラディエーターとなり、戦いを繰り広げるルジュとシアン。二人の能力は互角である。シアンは本当にルジュの妹なのか？　果てしなく死闘が続くと思われた、その時。駆けつけたナオミが、ルジュにある提案をする。

ジーンを救い、インモータルナインの陰謀を止めるため、金星を目指すルジュとナオミ。エデン、アッシュと共に作戦を話し合っていた二人は、宇宙船内に潜り込んでいたシアンを発見する。意識を取り戻して以来すっかり性格が変わり、子供のようになってしまっているシアン。本気でルジュを姉と慕い、一緒に金星に行くと言い出す。当然、連れて行くわけにはいかないと言うナオミ。が、ルジュはシアンを突き放せず、同行することになる。姉妹のように過ごすルジュとシアン。それを複雑な思いで見つめるナオミ。一方、シルヴィアたちと共に金星に辿り着いたジーンは人形遣い師と対面、ある一室に招き入れられる。そこで、彼を待ち構えていた懐かしい光景とは……。

攻撃を受け、金星に不時着する宇宙船。ルジュたちはシルヴィアとジーンがいるであろう移動カーニバルを目指し、＜クラウドプラント＞内を進む。だが、その動きはシルヴィアたちに掴まれており、ルジュとナオミ、エデンとアッシュとシアンの二手に分断されてしまう。状況を見つめる捕らわれのジーンに、その母『エヴァ・クリステラ』と彼女の作ったコード・イヴについて話す人形遣い師。人類への反乱を思いとどまらせようとシルヴィアとの対話を続けるジーン。だが、頑なに戦いをやめようとしないシルヴィア。二人の会話から明らかになる新たな事実に驚愕するアエス。そんな彼に、ジーンは幼い頃から抱えていたインモータルナインたちへの想いを語る。

人形遣い師の素顔を見て、逃げ出すアッシュ。ルジュとナオミはジーンと合流。ルジュたちがやって来た混乱に乗じて逃げ出して来たと言う彼に、どこか違和感を覚える。イドを取り戻したエデンはグラディエーターとなり、グラウフォンとの戦闘を開始。互いの信念と大切な者への想いをぶつけ合う二人。同じ頃、人形遣い師に捕まったシアンは意識を奪われ、ある役割を果たせと言われていた。

仮面の下に隠された人形遣い師の正体、それは死んだはずのユングであった。動揺し、混乱するルジュとシルヴィアたちに語られる真実。ユングの計画と望む世界。全てはユングが描いた戯曲、ルジュたちは彼の操り人形に過ぎなかったのか？