５つの小国がひしめき合うクレボーン島。その辺境にある小さな村で慎ましく暮らす少女ニコラは、日課の薪拾いの最中に、はるか山奥に住むはずのドラゴンに襲われる。そんなとき駆けつけたのは、極秘に組織された調査隊“王の探求者（キングス・シーカ―）”の一員を名乗るハガという男だった。繰り返される平穏な毎日の中で飽きることも知らなかったニコラは、ハガに憧れ、自ら外の世界へと踏み出すことを望むようになる。

デバッグ作業の中で、ニコラの死に何度も対面してきたハガ。今回も問題なくニコラは死んだはず…… が、何故か生きた姿でハガの前に姿を現す。驚愕するハガだったが、成り行きでニコラを従者として、共に旅路を進めることとなる。次の目的地であるベイル城を目指す途中、アダンの街に到着した2人は協力してデバッグ作業を進めるが、そこに酒井、隅田という2人組が現れる。

同業他社のデバッガーだった酒井と隅田を退け、何とかその場を逃げ出したハガとニコラ。アダンの街を後にして、隠れるようにしながら辿り着いたのは、ハガの仲間がいるという”降臨の祭壇”だった。多様なモンスターがはびこる祭壇の最奥を目指す2人だったが、途中ニコラがハガの元から姿を消してしまう。一方そのころ酒井は、上司である社長に隅田の顛末を報告していた。

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