林肯·伯罗斯目前正在死囚牢房，并将在几个月内因谋杀罪而被执行死刑，但迈克尔坚信他没有犯罪。 由于没有其他选择，而且时间紧迫，迈克尔采取了非常的措施，陪着自己的哥哥一起被监禁。一旦入狱，迈克尔，拥有监狱蓝图的结构工程师，便开始执行精心设计的计划，以帮助林肯越狱，证明林肯是无辜的。

随着种族紧张情绪在监狱内蔓延开来，维罗妮卡深入研究了林肯的案子，迈克尔试图得到一种药物，帮助他检测糖尿病呈阳性，并确保他可以在逃生计划中使用大螺栓。

时间不多了，迈克尔必须争取他的室友苏克雷的帮助，以执行他精心制定的逃生计划。但苏克雷不想参与其中，并要求进行更换牢房，而迈克尔的新狱友海维尔比他听说的还糟。与此同时，维罗妮卡遇到了一位可能能够帮助阻止林肯执行死刑的女士。

当海维尔看到迈克尔的计划时，这进一步拖延了他逃跑的时间表。同时，苏克雷改变了主意，林肯对其死刑处决的梦魇缠身，愈演愈烈。在监狱外，维罗妮卡与辩护律师一起工作，他不仅仅是有正义才这么有干劲的。

凯勒曼和黑尔拜访了沃登·蒲伯，他的过去可能并不像看起来那样美好。 同时，迈克尔得知，如果没有林肯，他离开福克斯河的时间可能比他预期的要早得多。 在监狱外，维罗妮卡和尼克为证明林肯的纯真而展开的调查，使她对自己产生了怀疑。

迈克尔调高了发火力，突破了他的牢房壁的另一侧，外面的人计划将林肯的行刑日期提前。与此同时，监狱里爆发了一场全面的骚乱，危及生命也让T-Bag有机会发现一个惊人的秘密。在监狱外，维罗妮卡和尼克来到了华盛顿特区寻找线索。

随着全面骚乱升级，迈克尔面临着有关萨拉医生生命的艰难决定，而阿布鲁齐和苏克雷联手打破了魔鬼的背。与此同时，T-Bag继续寻求被纳入逃生计划时，他尝到了血的味道。林肯也面临着一场潜在致命的对抗。

迈克尔的计划遇到了障碍，因为他发现一个对逃跑至关重要的旧储藏室被改成了休息室。与此同时，LJ继续潜逃，阴谋组织又夺走了三条人命。在监狱外，维罗妮卡和尼克得到一个爆炸性的警告，让他们放弃调查，一个神秘女人的身份最终被揭露。

当阿布鲁齐被降职后，整个越狱计划都陷入了危险之中。和T-Bag最近的关系恶化了，所以他把目标锁定在了新的人身上，而迈克尔既想要保护这个新来的孩子，又担心T-Bag会把逃跑计划透露给警卫。两条人命在身，LJ选择逃命。

为了让阿布鲁齐重新掌握监狱的指挥权，并使逃生计划重回正轨，迈克尔必须将斐波那契的住所告诉给费利·法尔佐恩。 同时，随着逃生帮派的成长，迈克尔和萨拉医生变得越来越亲密。在监狱外，凯勒曼和黑尔得到了一些不必要的帮助来追踪LJ，维罗妮卡和尼克取得了新进展。

萨拉医生和逃生帮派震惊地发现了迈克尔最新来访者的身份，他为他带来了一份无价的计划。 同时，贝里克上尉变得更加可疑，而吐温纳的扒窃技巧为迈克尔赢得了一些宝贵的时间。 奎因在监狱外引诱维罗妮卡、尼克和LJ到树林里的小屋里，而凯勒曼和黑尔却有着致命的分歧。

在证明自己的逃生计划正在奏效的情况下，迈克尔必须适应他最后一个障碍的极限。 随着越狱时间的临近，小团体试图减员一人。 在监狱外，LJ溜走参加他母亲的葬礼，维罗妮卡接到了一个不太可能的消息来源的电话，让她对案子有所了解。

第二天林肯就要被处决了，维罗妮卡找到了他，并在这个过程中获得了一个有新闻价值的盟友。与此同时，迈克尔必须想办法把林肯从单独监禁中解救出来。囚犯冒着一切风险，他们试图逃离他们的生活。

迈克尔尝试破坏电椅，以延迟林肯的电击死刑但以失败告终，林肯快没时间了。维罗妮卡和尼克申请验明特伦斯·斯特德曼的尸体。

三年前的一系列片段揭露了林肯，苏克雷，T-Bag, C-Note和莎拉医生是如何进入福克斯河州立监狱的，以及是什么驱使迈克尔精心策划了一个计划，让他被判有罪的兄弟逃出监狱。

当迈克尔努力回忆监狱结构图中缺失的部分时，狱长蒲伯因为他拒绝说出名字而将他单独监禁。与此同时，在搜索队找到之前，苏克雷在警卫室的逃生洞铺路。

被转移到精神病区后，迈克尔试图清理海维尔的大脑，并唤醒他对丢失的蓝图纹身的记忆;贝里克想把迈克尔的手机拍卖给出价最高的人;C-Note和T-Bag必须在一场高风险的扑克游戏中合作，而苏克雷的堂弟芒什似乎掌握着所有的筹码。

这位神秘男子向林肯暴露了自己的意图以及他与他的坏伙伴的联系。 迈克尔意识到萨拉掌握了逃生计划的关键，他将他们的关系提升到另一个层次；福克斯河变成了暴民的狂欢。吐温纳必须选边站；贝里克最终可能会在“他的钥匙”上发现“漏洞”的真相。

威斯特摩兰用贝里克在堵塞了逃生计划中的一个漏洞。这迫使迈克尔必须将越狱时间提前。令人恐惧的吐温纳承诺忠于迈克尔。而作为回报，他可能会免费出狱。迈克尔认为他别无选择，只能让萨拉参与该计划，并且必须出卖他父亲。维罗妮卡与其最亲密的盟友发现自己的生活处于危险之中，而后者与福克斯河的一名囚犯有着令人惊讶的联系。

萨拉医生质疑自己是否应该为迈克尔走后门，他必须背叛蒲伯完成自己的越狱计划。维罗妮卡找到证据将她引导去蒙大拿州，但意识到她最亲密的盟友实际上可能是她最大的敌人。迈克尔林肯和其他囚犯在休息，但在警报响起后，找出谁将在监狱外，谁将被留下来以及谁将死在监狱中。

随着逃生计划的进行，迈克尔，林肯和囚犯冒着生命危险和被俘虏的危险。监狱长蒲伯和贝里克上尉不断追捕逃犯。副总统担心她会失去指挥权甚至是生命；维罗妮卡找到了最重要的证据，以证明林肯的清白。