迈克尔·斯科菲儿德被关进了索纳监狱，这是一座地狱般的、致命的巴拿马监狱。这个地方之前发生暴乱迫使当局下台，囚犯们自己决定自己的生活(和死亡)。随着他所爱的人的命运悬而未决，迈克尔必须找到隐藏在监狱下水道系统中的神秘狱友惠斯勒，以便将他从没有出路的监狱中解救出来。同时，林肯在寻找失踪的萨拉时收到关于LJ的令人不安的消息。

迈克尔决定和萨拉谈谈，他让T-Bag帮他找到了索纳中唯一的电话：勒齐的电话。林肯试图大胆营救。 惠斯勒对迈克尔坦白，同时马宏很想摆脱肮脏的习惯。 贝里克想重新开始时结了仇家。

在营救LJ和萨拉失败后，林肯收到了来自“公司”的致命警告。迈克尔制定了一个激动人心的从索纳逃跑的计划;马宏被过去的一张脸所困扰。贝里克和勒齐一起倒在热水中时，T-Bag爬上了梯子。

一名新犯人进入索纳监狱，让惠斯勒感到不安，也引起了迈克尔的怀疑。林肯计划与索菲亚的海洋越狱，因为苏珊提前了越狱时间;T-Bag靠自己的魅力交到了新朋友；苏克雷试图将货物运进索纳。

当一名囚犯被发现被谋杀时，惠斯勒成为了头号嫌疑人，迈克尔必须证明他的清白才能救他的命。迈克尔要求苏珊提供萨拉还活着的证据，否则他将取消越狱计划;林肯和索菲亚监督警卫们的早晨仪式;在这集特别的两部分里，马宏得到了一个可以让他离开索纳监狱的机会。

随着迈克尔和惠斯勒被迫战斗至死，他们之间的忠诚也在不断发生变化。勒齐的力量受到了损害;林肯和索菲亚试图拯救他们所爱的人;苏珊的神秘雇主被揭露。

苏珊决定自己逃生，这使迈克尔陷入了困境。勒齐揭示了埋在索纳下的秘密； 索非亚发现了更多关于惠斯勒的过去。 马宏的自由取决于他的证词。 林肯和苏克雷成为公司的目标。

在引起巴拿马军方的怀疑后，迈克尔以索纳式的方式独自卖力地工作，而贝里克在挣扎求生。当T-Bag计划逃跑时，苏珊把目光投向了苏克雷。

勒齐失去了在索纳监狱的威信，萨米让迈克尔的逃跑计划泡汤。T-Bag向贝里克施压，要求他再拼一次，这可能是他的最后一场战斗。林肯和苏克雷为苏珊准备了一出大爆炸式的结局。

大雨迫使迈克尔提前了越狱计划，并在当晚逃出了索纳监狱。又一名囚犯加入了逃跑，西奥多和勒齐组成了联盟，而贝里克希望与马宏结盟。林肯和苏克雷给索纳监狱带来了希望。

迈克尔和他的狱友从索纳逃脱，但越狱并未像所有人的计划那样进行。

为了救LJ和索非亚的命，迈克尔和林肯必须将惠斯勒交给苏珊。马宏抓住了千载难逢的机会； T-Bag在索纳展示了谁才是老大；熟悉的面孔回到索纳，而另一人则被装进尸体袋而离开。