Als Commander Jonathan Ford gezwungen ist, Captain Marilyn Stark wegen Befehlsverweigerung vom Dienst zu entheben, steht die seaQuest DSV ohne Kapitän da. Die neue United Earth Oceans Organization rekrutiert den widerwilligen, pensionierten Captain Nathan Bridger, um das Kommando zu übernehmen; Bridger ist jedoch alles andere als begeistert wieder zum Militär zurückzukehren. Doch als ein abtrünniges Piraten-U-Boot beginnt Leben zu gefährden, kann Bridger nicht anders, als in das Leben hineingezogen zu werden, dem er zu entkommen versuchte. Besonders als sich der Kapitän des rebellischen U-Boots als die kürzlich gefeuerte Stark entpuppt, die auf einer Rache-Mission ist, um die seaQuest zu zerstören.