一场致命的传染病使得亚特兰蒂斯的关键成员失去了记忆，要靠Teyla和Rodney来寻找治疗的方法。但一群士兵在到处追赶所有人，却没人记得原因。要一起团结合作治愈所有人难上加难。

复制者为了消灭幽灵对飞马星系人类居住的星球进行毁灭性的攻击，亚特兰蒂斯方面同他们所俘虏的幽灵科学家开始合作，和幽灵以及飞马系的流浪部落结成同盟，共同致力于消灭共同的敌人复制者。