O Tenente Ford recupera-se tão rapidamente de seu encontro com os wraiths que o Dr. Beckett começa a perceber que Ford pode ter sido infectado por uma enzima dos wraiths. Mas o alívio da equipe após ter sobrevivido ao primeiro ataque dos wraiths à Atlantis dura pouco, pois seus inimigos já estão planejando a próxima onda de ataque. McKay elabora um plano drástico, mas o tempo se esgota rapidamente.

Quando um cientista morre, McKay acredita que a causa foi um problema técnico. Porém, quando outro cientista é morto, McKay começa a suspeitar de sabotagem. McKay descobre um vírus wraith que está invadindo rapidamente os controles e deixa a tripulação cada vez mais impotente. A equipe luta contra o tempo para tentar impedir que sua nave se volte contra eles mesmos.

Em sua contínua busca por Ford, que foi infectado pelos wraiths, a equipe encontra Ronon Dex, um guerreiro corajoso que sobreviveu a uma batalha com um wraith e tem fugido desde então. Ronon conta que sabe o paradeiro de Ford. Mas quando encontram Ford, a equipe rapidamente percebe que podem não ser capazes de salvar Ford daquilo em que ele se tornou.

Após ser resgatado de um dardo wraith, o Dr. McKay e o novo membro da equipe Tenente Laura Cadman ficam presos no equipamento de transporte. O Dr. Zalenka consegue materializar McKay, mas o nosso cientista brilhante descobre que há uma visita inesperada em seu próprio corpo: a mente de Cadman foi extraída com ele e está dentro da sua mente!

A equipe visita um planeta tecnologicamente avançado habitado por uma civilização misteriosamente não atingida pelos wraiths. A equipe conta à Dra. Weir sobre sua descoberta e ela começa a suspeitar que esse ambiente idílico pode ser o resultado de um pacto sinistro entre o líder do planeta e os wraiths.

A equipe de Atlantis pode ter encontrado uma nova fonte de energia para sua cidade a partir de uma tecnologia não aperfeiçoada pelos anciões. No entanto, as esperanças transformam-se em medo quando os primeiros testes de McKay resultam em uma morte. Será que McKay conseguirá desvendar a complicada tecnologia dos anciões sem colocar Sheppard e a si mesmo em perigo mortal?

A equipe encontra um cientista chamado Zaddik que vive com Ellia, uma criança wraith. O Dr. Beckett reúne-se com Zaddik, na esperança de efetuar um experimento controlado em Ellia utilizando um retrovírus que ele vem desenvolvendo. No entanto, a fórmula ainda não aperfeiçoada provoca o efeito contrário ao desejado.

Após seu encontro com a criança wraith mutante, Sheppard começa a apresentar sintomas similares aos apresentados por Ford após o ataque espectro. O Dr. Beckett percebe que uma pequena quantidade do retrovírus está na corrente sanguínea de Sheppard. A equipe precisa descobrir urgentemente uma saída para salvar a vida de Sheppard.

A equipe descobre centenas de tripulantes congelados em câmaras de estase interligadas a uma interface de realidade virtual. Sheppard entra numa câmera vazia e se conecta à interface. No entanto, uma das câmaras contém um wraith. Eles precisam encontrar um modo de impedir que este wraith descubra os segredos que eles próprios buscam dos anciões.

Sheppard, McKay, Teyla e Ronon caem em uma emboscada e tornam-se prisioneiros do Tenente Aiden Ford. Decidido a provar a todos que a enzima wraith é ao mesmo tempo segura e útil, Ford os contamina com a droga. Ele ordena que a equipe auxilie em uma missão especial: a destruição de uma nave colmeia wraith.

Sheppard, Teyla, Ronon e Ford tentam escapar da nave na qual estão presos como reféns. No planeta de Ford, McKay infecta a si mesmo com uma grande dose de enzima wraith para ter força e derrubar seus guardas. McKay e Caldwell precisam arquitetar um plano para trazer o resto da equipe de volta em segurança.

A equipe de Atlantis descobre um portal com gravações dos anciões, e Sheppard é acidentalmente puxado para o outro lado. A Dra. Weir descobre que Sheppard foi transportado para outro tempo. No entanto, há um aviso inscrito na pedra: uma vez cruzado o portal, não há mais possibilidade de volta.

A equipe descobre que os goa'ulds colocaram uma bomba em Atlantis - qualquer sobrecarga poderá detonar a explosão. A cidade precisa permanecer invisível para os wraiths, mas isso pode causar a explosão da fonte de energia. A Dra. Weir descobre que o culpado é um membro da sua equipe.

O Dr. McKay fica preso em um Saltador que está afundando no oceano e precisará contar com a ajuda de Samantha Carter para sobreviver.

A equipe descobre uma réplica exata de Atlantis em um planeta que estão explorando. O planeta é defendido pelo Protetor, que utiliza a tecnologia para manter os habitantes na linha e os Wraith afastados.

Combatentes alienígenas buscam um acerto de contas usando Weir e Sheppard.

Um Genii entra em contato com Atlantis para trocar um ZPM por armas para a rebelião que pretende realizar com um golpe de estado nos Genii.

O tenente suspeita que seja um Wraith transformado em humano por uma nova droga do Dr. Beckett.

O Dr. McKay precisa salvar sua equipe quando eles ficam presos em um planeta com um super vulcão e aparentemente não há como escapar dali.

Atlantis se alia a uma facção Wraith comandada por Michael, o Wraith que tentaram transformar em humano, para destruir inimigos em comum.

Duas naves-colmeia Wraith capturaram o Dr. McKay e Ronon e seguem em direção a Terra. Resta ao Major Sheppard resgatá-los e descobrir uma maneira de impedir que os Wraith transformem o planeta em uma fonte de alimentação.

Depois de transformar a tripulação de uma nave-colmeia Wraith em humanos, a equipe Atlantis precisa decidir seu destino. Enquanto isso, a Dra. Weir se vê diante da análise detalhada de Richard Woolsey e o I.O.A.

Um homem de outro mundo causa um efeito incomum na equipe Atlantis, que passa a se comportar de forma estranha. Os poucos membros da equipe que não foram afetados terão de descobrir a causa do problema.

Sheppard, Teyla e Ronon são atacados em um planeta coberto por florestas. Ronon percebe que esteve lá antes e descobre que sua primeira visita acabou surtindo um terrível efeito.

A Dra. Weiner acompanha a equipe de Sheppard em uma missão até uma civilização avançada que teve uma relação com Atlantis no passado. Com isso, eles descobrem uma ligação com uma descoberta feita previamente na cidade.

A Dra. Weir acorda em um sanatório fora de Washington D.C. e é informada que Atlantis e o Programa Stargate só existem em sua imaginação.

A motivação do jovem John Sheppard para ingressar nas forças armadas é revelada.

Rodney volta à Terra para visitar sua irmã Jeannie.

Sheppard e Ronon ficam sob influência de um aparelho Wraith de alteração da mente que ameaça forçar toda equipe a matar uns aos outros!

Enquanto testam um mecanismo do portão estelar que irá permitir que a viagem entre Atlantis e a Terra seja realizada em cerca de 30 minutos (a ponte intergaláctica McKay-Carter), McKay, Sheppard e a equipe descobrem uma antiga nave viajando quase na velocidade da luz. Quando a Dra. Weir conversa com os viajantes, ela fica surpresa por eles pedirem que os membros da expedição deixem a cidade de Atlantis.

A missão do major-general Jack O'Neil de defender Atlantis falha quando ele e Richard Woolsey são feitos prisioneiros durante um ataque dos replicantes na cidade. A equipe de Sheppard, a Dra. Weir e o Dr. Carson roubam um Saltador de Possas do Comando Stargate na Terra e voltam à galáxia Pegasus com um plano para retornar Atlantis.

As baleias de Lantea se concentram ao redor da cidade e os habitantes de Atlantis começaram a sofrer terríveis problemas de saúde. Será que elas estão ali para se comunicar ou para atacar?

Enquanto investiga relatos sofre um "super-herói" em outro planeta, a equipe do coronel Sheppard se depara com dois velhos conhecidos.

Ao desativar sistemas desnecessários em Atlantis, McKay é atingido por uma antiga e estranha máquina. Ele começa a ter superpoderes, mas as coisas nunca são como parecem e Rodney e a equipe precisam lutar contra suas mutações para salvar sua vida

Para passar o tempo, Sheppard e McKay disputam secretamente um jogo de estratégia em tempo real que eles descobrem em Atlantis. Para a surpresa de ambos, eles se dão conta que aquele é mais do que um simples jogo...

A equipe Atlantis encontra os últimos sobreviventes de uma civilização que foi colocada em animação suspensa a bordo de uma estação espacial. À medida em que alguns deles são despertados, problemas do passado ameaçam exterminar a estação, incluindo Sheppard.

A equipe tenta relaxar durante uma folga obrigatória até que a cidade e a Expedição são destruídas por explosões.

A equipe sai em busca de uma fonte de energia alternativa localizada abaixo da superfície do oceano lanteano. Ao chegarem na estação de força, Teyla sente a presença de um Wraith por perto.

Quando Atlantis perde contato com um assentamento taraniano, a equipe de Sheppard parte para a investigação e descobre que Michael tem feito experiências envolvendo o vírus Iratus.

O coronel Abe Ellis chega a Atlantis com uma nova nave terráquea, a Apollo, e uma nova missão. A Dra. Weir tem dúvidas quanto a missão, acreditando que ela pode iniciar uma guerra com um inimigo muito poderoso. Quando a missão dá errada, Wier precisa tomar uma atitude radical para salvar Atlantis.

Com apenas 24 horas de energia e impossibilitados de usar o Stargate, a equipe de Atlantis precisa novamente salvar a cidade da destruição. Enquanto isso, a Dr. Weir luta para sobreviver.

Enquanto Carter e Apollo procuram a desaparecida cidade de Atlantis, Sheppard e sua equipe arriscam a vida em uma missão para roubar um Z.P.M dos Replicantes

Ronon reencontra um grupo de Satedanos que pedem para ele deixar Atlantis e se unir a eles. Samantha Carter chega em Atlantis para assumir o comando.

Após uma descoberta, a equipe começa a ter sonhos envolvendo Sheppard.

Sheppard é capturado por uma raça que viaja pelo espaço e deseja usar seu gene antigo para seus próprios fins.

Quando uma infecção mortal faz membros chaves de Atlantis perderem a memória, resta a Teyla e Ronon encontrarem a cura. Mas quando os fuzileiros começam a caçar todos e ninguém lembra o motivo, o trabalho fica ainda mais difícil.

Durante uma visita a New Athos, Teyla e a Dra. Keller precisam fugir de uma tribo primitiva de guerreiros. Teyla faz uma surpreendente descoberta.

A equipe conhece um homem com poderes proféticos extraordinários e que faz uma previsão sombria sobre o futuro de Atlantis. Enquanto isso, eles se unem a um Wraith na tentativa de consertar um vírus que Rodney criou para deter os replicantes e que não funcionou corretamente. E Woolsey chega em Atlantis para realizar uma avaliação do comando de Carter.

Quando McKay e sua irmã Jeanie Miller são sequestradas na Terra, Sheppard e Ronon precisam contar com a ajuda de NID para encontrá-los.

Quando uma misteriosa sonda cai na cidade, a equipe é convencida que os Replicantes os encontraram.

A equipe de Atlantis une as forças a um Wraith que foi capturado em uma missão para fazer contato com a frota Wraith.

A equipe consegue uma nave-colmeia Wraith após uma batalha com os Replicantes e descobre algo novo sobre seu inimigo.

Quando Atlantis é colocada sob quarentena, todos ficam presos em uma sala com outra pessoa. Enquanto lidam com questões pessoais, eles tentam descobrir o motivo da quarentena e uma forma de saírem dali.

Enquanto acompanha uma princesa em uma peregrinação para ser coroada rainha, Sheppard e McKay se deparam com um inimigo bem familiar.

Após a morte de seu pai, Sheppard volta à Terra e descobre que os cientistas criaram um Replicador com traços humanos que agora está à solta.

A coronel Carter se une ao Dr. Mckay e a Dra. Keller em uma missão fora da Terra para convencer a população de um planeta açoitado por terremotos a buscar outro local para viver. No entanto, a situação foge do controle quando eles caem em um buraco e ficam presos em uma velha mina Genii.

Quando o coronel Carter convida Tealc para ir a Atlantis aconselhar Ronon, que será examinada pelo I.O.A, surgem informações que os Wraith descobriram a Estação Espacial Midway, agora em completa operação.

Enquanto uma doença se espalha pela Galáxia Pegasus, Teyla acredita que o pai de seu filho está tentando se comunicar com ela.

Após encontrar Athosianos desaparecidos, Teyla planeja fugir da instalação secreta de Michael

Sheppard volta de uma missão e encontra Atlantis abandonada e cercada por dunas de areia.

Lt. Colonel John Sheppard and his team are trapped under the rubble of Michael's facility in order to rescue Teyla Emmagan. As Colonel Samantha Carter launches a team to rescue the rescuers, little do they know that Michael Kenmore is also searching the planet for the survivors.

When a mysterious alien organism takes Dr. Jennifer Keller as its host, the newly revived Dr. Carson Beckett and the crew desperately search for a serum to save her from the evolving intruder before it can infiltrate Atlantis. In the meantime, Richard Woolsey officially joins the team, having been chosen as Colonel Samantha Carter's replacement to lead the Atlantis expedition.

Ronon Dex is captured by Tyre, who wants to hand him to the Wraith in order to maintain his role in their circle. However, when the deal turns sour, and Tyre is left for dead, the Atlantis expedition persuade him to take back their friend. Meanwhile, The Wraith turn Ronon into a Wraith worshipper.

The Atlantis expedition mysteriously finds the Daedalus, abandoned and drifting in space. When Lt. Colonel John Sheppard's team come to investigate, the ship mysteriously disappears. They soon discover that the ship is actually an alternate Daedalus from a Alternate reality, and the team must find a way back to their Universe or risk being stranded forever in an unfamiliar reality.

While on a mission, Lt. Colonel John Sheppard's team inadvertently brings a mysterious entity to Atlantis. They soon learn that the entity is nothing more than Dr. Elizabeth Weir, who was thought to have been killed after her capture by the Asurans.

Dr. Rodney McKay is infected with the Pegasus equivalent of Alzheimer's disease, known as Second Childhood, a common illness among the elderly in the galaxy. The only way to save him is a shrine on Talus. The downside is that it has turned into a Wraith outpost.

Dr. Carson Beckett is called in to help a team investigating a lab that once belonged to Michael Kenmore. But soon, they realize that a group of experiments that even Michael couldn't control are hellbent on killing the team.

The Atlantis expedition has a plan to remove the Wraith's dependence on feeding to use an experimental gene therapy from Michael's database. However, in order to convince the Primary, the Wraith leader, Teyla Emmagan must pose as a Hive Queen.

Dr. Jennifer Keller is kidnapped by a runner named Kiryk. While Dr. Rodney McKay and Ronon Dex tracks them, Kiryk takes Keller to a seriously injured young girl. She must do it fast, since the Wraith have found him, and are hunting them down.

Dr. Daniel Jackson arrives in Atlantis to investigate a hidden lab left behind by the rogue Ancient scientist Janus. Their discovery has attracted the attention of a mysterious group of aliens, who infiltrate the city. Meanwhile, "Todd" and a delegation arrive on the Daedalus to bring forward Dr. Jennifer Keller's gene therapy.

As Dr. Rodney McKay and Dr. Daniel Jackson is held prisoner by the Vanir, they make a startling discovery about who they really are. Meanwhile, "Todd" and his Wraith hijack the Daedalus to find and destroy those who activated the Attero device. The Travelers arrive and Lt. Colonel John Sheppard must help them get to the planet before "Todd" uncovers a way to discover the device for good, even if it means sacrificing McKay and Jackson's lives to do so.

Dr. Carson Beckett, now a traveling doctor in Pegasus comes across a planet, where some of the villagers are refugees from Balar, a planet infected with the Hoffan drug, and destroyed by the Wraith. However, the Wraith arrive on the planet and gives the village an ultimatum, hand over the Balarians, or face destruction of the entire civilization.

Lt. Colonel John Sheppard's team is invited by the Coalition of Planets in order to form an alliance. However, the team is misled and is faced to stand trial, for their alleged crimes against the Pegasus galaxy. Their best chance of freedom, is the experiences of Richard Woolsey.

Michael Kenmore has infiltrated Atlantis with an army of his Hybrids, and closes off Stargate Operations and the surrounded levels to prevent anyone from taking it back. His plan; take Teyla Emmagan and her child to perfect his Hybrids, and to destroy the base when they're done. Meanwhile, Lt. Colonel John Sheppard, Dr. Rodney McKay and a team try to take back the city before Michael leaves with what he wants.

While being evaluated by the International Oversight Advisory, Richard Woolsey meets a beautiful scientist new to Atlantis, who is not what she appears. Meanwhile, Lt. Colonel John Sheppard is captured and tortured by an enemy he thought he'd killed several years ago: his sworn enemy, Genii Commander Acastus Kolya.

Dr. Rodney McKay reluctantly returns to Earth to witness the triumph of his rival Dr. Malcolm Tunney, but must help shut down a deadly weather device when the new technology goes horribly awry.

After a Wraith Hive Ship shows up over Atlantis transmitting a distress call, Lt. Colonel John Sheppard's team discovers that its crew has been stricken with a disease they helped create.

Dr. Jennifer Keller's body is inadvertently taken over by a cunning thief, Neeva Casol. While Neeva tries to escape Atlantis, Keller finds herself imprisoned with a death sentence on another planet, forcing the team into a race against time to return Keller to her original body before she is put to death.

In the city of Las Vegas in an alternate reality, police Detective John Sheppard investigates a series of bizarre murders where each body appears to have desiccated. He is soon called to Area 51, where Dr. Rodney McKay explains the situation.

"Todd" informs the Atlantis expedition that a rogue group of Wraith has acquired several Zero Point Modules to power a Super-hive, and wants it destroyed. However, after the Daedalus is disabled, they learn that the ship is heading straight for Earth, and they must stop it before it gets there.