Nowa drużyna Stargate wyrusza w niebezpieczną misję do odległej galaktyki, gdzie odkrywają mityczne, zaginione miasto - i śmiertelnego nowego wroga.

Sheppard próbuje przekonać Weir, aby wziął udział w misji ratunkowej, aby uwolnić pułkownika Sumnera, Teylę i pozostałych schwytanych przez Wraith.

Baza Atlantis jest zagrożona, gdy zespół odkrywa, że ​​w mieście jest obca jednostka. Eksperyment McKaya z obcą technologią nie idzie.

Zespół znajduje się w śmiertelnym niebezpieczeństwie, gdy ich statek Skoczka Skalnego zostanie wbity w Gwiezdne Wrota.

Wysiłki zmierzające do otwarcia stosunków handlowych z gatunkiem zwanym Genii stają się kwaśne, gdy zespół odkrywa ich nowych "sojuszników" mają ukryte motywy.

Prawie jedna trzecia mieszkańców Atlantydy jest zarażona śmiertelnym wirusem, który powoduje halucynacje i śmierć, zmuszając do zamknięcia miasta.

Zespół odnajduje rajski świat, który byłby idealną świątynią dla uciekających przed Wraith, ale lokalni mieszkańcy wierzą, że ich bogini na to nie pozwoli.

Kobieta znajduje się w zawieszonej animacji na Atlantydzie, a zespół jest zszokowany, widząc, że to sama doktor Weir opowiada im o swojej podróży sprzed 10 000 lat w przeszłości miasta.

Wraz z grupą statków kosmicznych Wraith w drodze do Atlantydy, zespół poszukuje miejsca do ucieczki i sposobu na zniszczenie miasta. McKay przewodzi zespołowi, który próbuje aktywować platformę orbitalnych broni Pradawnych.