Das SG-1 Team hat die Überreste der verlorenen Stadt der Antiker der Erbauer der Sternentore – entdeckt. Mitten in den Ruinen findet Daniel Jackson eine Stargate-Adresse, von der er hofft, dass sie zu der neuen Stadt dieses uralten Kulturvolkes führt, von der einige glauben, dass es sich dabei um das sagenumwobene Atlantis handelt. Allerdings befindet sich dieser Ort in der entfernten Pegasus-Galaxie und damit weiter weg, als sich bislang irgendein Stargate-Team ins Universum hinausgewagt hätte.

An ihrem Zielort stößt das Atlantis Team auf ein wahres Wunderwerk der Technik: Eine Stadt mitten im Meer, die allerdings völlig verlassen zu sein scheint.

Aus Versehen wird ein Forschungsobjekt der Antiker aus seinem Behältnis freigelassen. Es handelt sich um ein körperloses Wesen ähnlich einem Schatten. Alle Versuche, das Wesen wieder einzufangen, misslingen.

Bei der fluchtartigen Rückkehr von einer Erkundungsmission verkeilt sich ein Puddle Jumper mit seinen Triebwerken in einem im Orbit befindlichen Stargate. Das Cockpit hat den Ereignishorizont schon passiert, während Sheppard, Teyla, Ford und McKay noch im hinteren Teil des Jumpers sind.

Egal wohin sich Sheppards Team auch begibt, warten bereits Wraith auf sie. Es wird vermutet, dass einer der Athosianer als Spion für die Wraith arbeitet.

Der inaktive Verteidigungssatellit soll mit einem Naquadahgenerator reaktiviert werden.