一场“完美风暴”即将袭击 Atlantis，Atlantis 的人员必须紧急撤离。Sheppard 请求 Manara 的首领 Smeadon 允许 Atlantis 暂时撤离到他们的星球，Smeadon 暗地里却通知了 Genii 的首领 Cowen（他们刚刚和 Atlantis 结下梁子）。Cowen 派遣指挥官 Kolya 集结了一个突击小队准备袭击 Atlantis。

McKay 警告 Kolya 要得到 Atlantis，必须留下他们两个，Kolya 骗 Sheppard 说 Weir 已经死了，Sheppard 发誓要取他性命。此时留在陆地的 Teyla 等人进入了暴风眼（飓风的中心，阳光明媚、风平浪静），Teyla 等人趁此机会，驾驶 Jumper 赶回 Atlantis 协助 Sheppard，Kolya 通知 Genii 要求增派援手。

McKay 在五个前哨站之一的 Dagan 星球的考古学家 Allina 的协助下寻找 ZPM 的下落。历史记载说，当年一个叫 Lantian 的古人把一个 ZPM 交给 Sudarian 的由 15 个僧侣组成的兄弟 会 The Quindosim 保管，并声称将来取回时会酬谢他们，但是后来幽灵几乎灭绝了 Sudarian 人，兄弟会把 ZPM 的保存地点分刻在九块石头上，McKay 根据 Allina 找到的三块石头很快就发现了其他五块，并找 到可能保存着 ZPM 的密室。然而他们却被死对头 Kolya 指挥官抓住了。

Sheppard在一个星球被一个Genii指挥官截住，这个幽灵在这个星球很多年了。Kolya利用Sheppard向Atlantis提出交换Genii首领的要求。Atlantis多次派队伍救援无效。之后Sheppard和幽灵结成逃亡联盟试图逃脱。

Sheppard带领队伍到了一个星球，在那里他们发现了一个村庄，Lucius居然又能赢得了村民们极大的好感，其中就有忠心的Amaris。原来这家伙这次是穿了一件古人的个人防护罩使他能刀枪不入战无不胜。可惜他为了骗取村民的信任雇佣了Genii政变失败的Cowen的个人卫队假装匪徒袭击再由他出面营救。

Sheppard被Acastus Kolya绑架。。在亚特兰蒂斯，Woolsey、McKay和其他团队成员发现一个名为Sakari的古老种族，这是一个基于硅的生命形式，它使用强烈的幻觉来操纵人们。