Атлантис вынырнул из гиперпространства в неизвестной точке. Луч Репликаторов сильно повредил магистральную электропроводку в городе, и потери энергии препятствуют продолжению полета. Пока Маккей и Зеленка пытаются вернуть город в гиперпространство, доктор Келлер изо всех сил борется за жизнь смертельно раненной Элизабет Вейер.

Энергии в МНТ Атлантиса оставалось на считанные часы. Единственным спасением мог стать только новый МНТ. По случайности, мощности джампера как раз хватало, чтобы добраться до планеты Репликаторов. На дело отправились Шеппард, Маккей, Вейер и Декс. Элизабет была их козырем, но все понимали, что эту карту могут разыграть и Репликаторы.

Земляки Ронана обращаются к Атлантийцам с просьбой помочь в атаке на военную базу Рейфов. В ходе операции им придется столкнуться с неожиданным врагом.

Во время очередной миссии Шеппард случайно становится носителем некого бестелесного инопланетянина. Гость пытается общаться с атлантийцами через их сны, вот только сны становятся жуткими кошмарами. С Джоном в роли Фредди Крюгера.

Шеппарда пленила очаровательная Ларрин, предводительница расы Путешественников. В отличие от большинства рас Пегаса этот народ решил укрываться от Рейфов не на планете, а в космосе - многие поколения сменялись на кораблях, бороздящих галактику. Некоторое время назад они заметили появление новой силы в Пегасе, и их заинтересовало наличие у Джона гена Лантийцев.

Весь Атлантис поразил вирус, вызывающий потерю памяти. Не затронул он только Ронана и Тейлу. Всем придется объединить усилия, чтобы срочно найти лекарство, пока память не исчезла полностью.

Тейла в компании доктора Келлер отправилась на Новый Атос, куда был переселен ее народ, но теперь таинственно исчез. Там они практически сразу столкнулись с примитивным воинственным народом, от которого приходится спасаться бегством.

Поиск атозианцев приводит Тейлу к человеку, который обладает необычайным провидческим даром. Он не только рассказывает ей, что ее народ жив, хоть и сокрыт тьмой, а будущему Атлантиса угрожают ульи Рейфов, летящие к нему. Кроме этого он знает, что Тейла беременна, хоть пока и никому не сказала об этом...

После воссоединения семьи, Родни поддерживал постоянный контакт со своей сестрой, и когда это стало известно не тем людям, Дженни попала в ловушку. Маккей отправился искать ее, но угодил в ту же западню. Они оказались в лаборатории медицинской корпорации, занимавшейся созданием лекарств на основе инопланетных технологий. Президент корпорации решил вылечить свою дочь, смертельно больную лейкемией, с помощью нанитов. Но девочке стало только хуже. Пока Маккей с сестрой занимался их перепрограммированием, на Землю прибыла команда атлантийцев, чтобы участвовать в поисках пропавших товарищей.

Когда неизвестный снаряд неожиданно попадает в Атлантис, вся команда приходит в ужас, предполагая, что это Репликаторы нашли город. Но когда в Атлантисе появляется Элизабет Вейер, становится ясно, что странности только начинаются...

Пленный Рейф начинает помогать Маккею в лаборатории, а затем становится посредником в переговорах с другими Рейфами. Атлантийцы вынуждены предложить им союз против общего врага, и семь кораблей-ульев соглашаются присоединиться к битве, которая станет крупнейшей для землян в галактике Пегас.

Команда обнаруживает дрейфующий в космосе корабль-улей их бывшего союзника-призрака, что приводит их к секретному проекту, который может переломить ход гражданской войны.

Атлантис неожиданно инициирует режим изоляции: все двери заблокированы, радиосвязь не работает, жители маленькими группами отрезаны друг от друга в разных отсеках. Картер и Зеленка застряли транспортере, Шеппард оказался заперт в комнате с Тейлой, а Маккей в ботанической лаборатории своей подруги, Кейти Браун, как раз собирался сделать ей предложение. Компьютер оказался недоступен для Родни, поэтому другим атлантийцам придется справляться с ситуацией самостоятельно.

Шеппард и Маккей навещали одну из своих любимых планет и были счастливы задержаться подольше в обществе двух юных принцесс. Но когда они все-таки собрались уйти, девушки попросили их незаметно помочь их младшей сестре, Хармони, пройти обряд посвящения и взойти на трон. Девушке нужно было пройти через лес к храму. События становятся гораздо драматичнее, когда оказывается, что на планете размещен контингент Дженаев, и их наняли помешать коронации.

Узнав о смерти отца, Шеппард отправляется на Землю в компании Декса. Ронан станет свидетелем сложных отношений Джона с отцом, бывшей женой и братом. Однако, семейным разборкам помешает известие, что на Земле была создана собственная человекоподобная модель Репликатора. Когда МНС узнал об этом и попытался закрыть проект, прототип сбежал.

Маккей, Картер и Келлер оказались в ловушке в подземной камере во время миссии за пределами мира, без видимых способов побега.

МНС ставит под вопрос необходимость участия инопланетян в земном проекте "Звездные врата". Картер приглашает Тил'ка посетить Атлантис и помочь Ронону подготовиться к проверке.

Команда потрясена, когда старый друг, которого считают мертвым, чудесным образом возвращается к ним. Тейла планирует побег из плена Майкла.

Шеппард возвращается в Атлантис с очередной миссии, но застает город совершенно пустым. Все системы выключены, а вместо океана вокруг простирается необъятная пустыня, постепенно поглощающая и город.