砂漠に堕ちた男には、記憶がない。大介と名付けられた男は自分を拾ってくれた兜甲児と意気投合する。未確認戦力が地球に襲来する中、巨大ロボット・グレンダイザーが現れた。

ベガ軍を撃退したデュークだったが、我を忘れ飛び去った末、逢神島へ不時着する。後を追ってきた甲児と、島の巫女ヒカルとの出会いも束の間、仇敵カサドが地球を強襲する。

卑劣なカサドに燃え上がるデュークの怒り。グレンダイザーを暴走させかけるが、甲児との約束を思い出し踏みとどまる。再び乗ってしまったことを悔やむデュークを感謝の歓声が包む。

幼なじみ・ナイーダとの再会。それはデュークに束の間の安らぎをもたらす。しかし、彼女は弟・シリウスの仇としてデュークに近づいたのだった。愛憎相半ばした兇刃が迫る。

デュークの妹・マリアが、兄を追って地球にやってきた。しかし、未開の惑星・地球を、マリアは少女らしい傲慢さで見下す。そんな中、またしてもベガ軍が襲来する。

デュークの親友ともいうべき女騎士・テロンナが地球に降り立った。これまでのベガ軍と違い、正々堂々の勝負を持ちかけるテロンナだが、デュークを惑星大罪人と断罪する。

逢神島では超古代遺跡の調査が進んでいた。その近海に、ベガ軍の新兵器が放たれる。想定外の戦場へ引きずり込まれ、大苦戦するグレンダイザー。その時、謎の機影が接近する。

「フタリダケデアイタイ」。円盤獣に浮かび上がったメッセージを受け取ったデュークは、地球に降りて来たルビーナと再会する。フリード星での惨劇の事実をデュークは語り始める。

ついにベガ星連合軍の直接攻撃を受ける光子力研究所。ブラッキー率いる近接戦闘部隊に侵入され所内は戦場と化す。内通の疑いで監禁されていたデュークは宇門に助けられる。