Der er usikkerhed i luften, da Pacey og Joey vender tilbage til Capeside efter en rejse, der har varet hele sommeren.

Det nye skoleår begynder, Pacey er tæt på at blive smidt ud, og Joey begynder at arbejde i yachtklubben.

Processen med at lave universitetsansøgninger strammer til, og Gretchen får job som bartender på Gails restaurant.

Dawson opdager, at hans mor er gravid, og Joey har svært ved at beslutte sig til, hvornår hun er klar til det næste skridt i forholdet til Pacey.

Andie fejrer sin optagelse på Harvard ved at tage til ravefest, hvilket ender med at bringe hende i livsfare.

En mulighed for at holde fri inden starten på universitetet får Andie til at prøve at samle alle, inden hun tager afsted.

Dawson, Pacey og Jack kommer under mistanke i en afgangsklasses spøg.

Dawson spørger mr. Brooks til råds om at blive instruktør, og Joey tager Pacey med til en middag på et eksklusivt universitet.

Mr. Brooks' fortællinger om sin fortid inspirerer Dawson, og Pacey er opmuntret til at gå videre med sit forhold til Joey.

Pacey forsøger at sætte en kæp i hjulet på Dawsons charmeoffensiv over for Gretchen, og Drues spilopper fører til, at han og Joey bliver låst inde i et skab.

Joeys surprisefest til Paceys fødselsdag forstærker langvarige følelsesmæssige spændinger i Witter-familien.

Dawson er nervøs for at møde Gretchens venner, og Joey og Pacey bliver hyret til at hjælpe Drue med at klare en vigtig date.

Dawsons venner er taget på skiferie med skolen, og han opdager, at han har fået overdraget magten over mr. Brooks' liv.

Mens Pacey og Joey analyserer deres første seksuelle oplevelse, bringer mr. Brooks' død Dawson og Gretchens forhold i fokus.

Pacey og Joeys forsøg på at få en nat sammen skaber en mulighed for Dawson og Gretchen, og Jen hyrer Jack til at hjælpe med at udspionere sin terapeut.

Glæden over, at Joey er blevet optaget på universitet, blegner, da hun finder ud af, hvad undervisningen koster.

På den traditionelle pjækkedag tager Dawson og Gretchen på roadtrip til Maine. Samtidig tager Jen til New York City for at tage et opgør med sin far.

Mens Gail, som er gået over tiden, venter på, at fødslen skal gå i gang, er Joey bekymret for, om hun er gravid.

Capesides afgangsfest sætter gang i et par mulige romancer, samtidig med at den bringer to andre spæde forhold i fare.

Da Gretchen vender tilbage til universitetet, må Dawson tage en vigtig beslutning. Jen slår bak, da Bedste vil sælge huset for at betale for hendes undervisning.